发简信
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ATAC-bulk rna的染色质可及性分析流程
00.背景 基于常规转录组（bulk rna）的数据进行染色质可及性（ATAC）的常规分析流程。代码仅供参考。 01.质控 和别的组学一样，拿到...
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使用read.table读取数据行数少于read.csv
非常坑的地方， 一堆分析做完了，发现第一步数据的行数对不上，检查后发现使用read.csv能够得到准确的行数，而使用read.table得到的行...
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Error in hclust(d, method = method)：外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)
记录一个小bug：使用pheatmap绘制热图时，使用scale参数总报错： 只需要删除原始数据中标准差为0的行即可： 原因是scale对每行进...
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空转下游之spatialDE分析背景：使用python包spatialDE分析10x v2空转数据。 01.软件介绍 spatialDE用于非线性和非参数地计算依赖于空间位置坐...
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单细胞VDJ分析背景知识背景：单细胞VDJ的背景、原理等。 1.为什么做单细胞VDJ？ 理论上生物体内的基因组DNA是完全相同的，除了肿瘤细胞会发生频繁的DNA突变。因...
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单细胞ATAC分析标准流程（详细版）背景：单细胞ATAC分析流程介绍。 1.为什么做单细胞ATAC分析？ 单细胞转录组分析的是单细胞分辨率上不同细胞之间的转录组（mRNA）差异，由...
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单细胞ATAC分析之上游cellranger-arc分析背景：使用10x的cellranger-arc实现10x单细胞ATAC和单细胞RNA的上游分析。 为什么做单细胞ATAC分析单细胞转录组是单细胞...
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单细胞转录组上游分析-上游分析流程及知识点整理背景：从生信的角度学习单细胞转录组的上游相关流程以及知识点。 10x测序平台 从cellranger的学习开始，cellranger是处理10X...
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左连接-使用R/python实现两个数据的左连接背景：使用R或者python实现两个数据集的左连接，以此完成部分生信需求。 python实现python是我学的第一门编程语言，pandas是我...