获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签 -
你好，我用docker装了monocle3后，怎样才能调用啊？是不是要整一下哪个路径到哪个环境？
用docker安装monolec3环境及入门
先现在镜像 然后按照教程熟悉 Seurat to monocle3 https://satijalab.org/signac/articles/monocle.html[ht...
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@Kiwi945 暂时没有~
Linux系统创建新的R环境及报错
因为有的R包需要R4才能安装使用，原本是想直接升级R版本的，但是又害怕环境什么的装不对，牵一发而动全身，导致服务器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大恶极了，所以曲线救国，在...
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单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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用你想用的版本的R覆盖/usr/local/bin下面的R行不行（估计没有管理员账户覆盖不了，我还没试过）？目前我的经验来看，都得需要管理员权限，否则自己的账户（普通用户）只能在服务器linux自己的界面玩，用不了Rstudio
Linux系统创建新的R环境及报错
因为有的R包需要R4才能安装使用，原本是想直接升级R版本的，但是又害怕环境什么的装不对，牵一发而动全身，导致服务器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大恶极了，所以曲线救国，在...
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Linux系统创建新的R环境及报错因为有的R包需要R4才能安装使用，原本是想直接升级R版本的，但是又害怕环境什么的装不对，牵一发而动全身，导致服务器的R用不了，大家干不了活，那我就罪大恶极了，所以曲线救国，在...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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ggplot2画tSNE（UMAP）的聚类点图（带圈带阴影）今天我们学习一点简单的，实现下面这张图 绘图： 1. 首先加载数据，然后用查看一下数据长什么样子 2. 开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分...
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R语言大小写字母转换
人类基因一般是全部字母大写，而小鼠基因一般是首字母大写。如果找一某种细胞的标志基因，文献没有找到人的只找到小鼠的，那可以借来参考看看（类似情况），手动转换就比较麻烦。我们可以...
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Linux系统下，将用户的R包共享首先在RStudio下查看自己R包安装的位置： 然后在Linux系统下查找.Renviron文件，这是个隐藏文件（前面带.），所以ls和ll命令都不行，要用ls -al。 然...
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单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞肥大细胞特性 肥大细胞（mast cell），发育源于骨髓CD34+前体细胞，广泛分布于皮肤及内脏粘膜下的微血管周围，组织中肥大细胞不多，是连接神经系统和免疫系统的桥梁。 形...
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详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
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记录一个单细胞转录组数据处理遇到的问题昨天下午处理单细胞转录组数据时，在我质控完，标准化之后寻找高可变基因时，遇到这样一个问题： 得到的图是这样的： 我很疑惑，我的黑色的那些不高变异的基因去哪了。我知道一个点可能...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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Rmarkdown 设置工作目录
Rmarkdown 怎么设置工作路劲 Rmarkdown里面setwd()没用，个人感觉Rmarkdown里的路径乱七八糟的，不知道自己的文件输出到哪里去了，所以在使用Rma...
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单细胞测序细胞类型鉴定
细胞类型鉴定 细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Marker gene， 看某个亚群的差异基因（one to others）与数据库中哪种细胞类型的 marker gene 比...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才华，玉韫珠藏，不可使人易知。
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sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
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优雅地做一名极客
