获取Seurat气泡图的绘图数据 创建x轴分类标签注释 将注释添加到data.usage方便绘图调用 根据需求重排y轴绘图标签顺序 重绘气泡图并基于facet分面方法为x轴添...
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Seurat::DotPlot绘图美化-facet方法添加X轴注释标签 -
单细胞轨迹推断分析（拟时间分析）dyno使用教程作者：yuanzan链接：dyno使用教程--1个R包实现59种单细胞轨迹推断分析)来源：微信公众号著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 在上一期的《单细胞轨迹分析...
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ggplot2画tSNE（UMAP）的聚类点图（带圈带阴影）今天我们学习一点简单的，实现下面这张图 绘图： 1. 首先加载数据，然后用查看一下数据长什么样子 2. 开始画图： 首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分...
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单细胞测序细胞类型鉴定——肥大细胞肥大细胞特性 肥大细胞（mast cell），发育源于骨髓CD34+前体细胞，广泛分布于皮肤及内脏粘膜下的微血管周围，组织中肥大细胞不多，是连接神经系统和免疫系统的桥梁。 形...
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详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定
作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
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Rmarkdown 设置工作目录
Rmarkdown 怎么设置工作路劲 Rmarkdown里面setwd()没用，个人感觉Rmarkdown里的路径乱七八糟的，不知道自己的文件输出到哪里去了，所以在使用Rma...
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单细胞测序细胞类型鉴定
细胞类型鉴定 细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Marker gene， 看某个亚群的差异基因（one to others）与数据库中哪种细胞类型的 marker gene 比...
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sva ComBat去除GEO数据批次效应批次效应 批次效应是测量结果中的一部分，它们因为实验条件的不同而具有不同的表现形式，并且与我们研究的变量没有关系。不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂...
