小白不孤单

作者：ahworld链接：空转分析代码备忘录：seurat可视化代码雕琢[https://mp.weixin.qq.com/s/nzKN6-AYiZZflbPHreRZMQ]...

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1、基础知识 （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)简单来说就是将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的类中，以减少分析的复杂度。比如之前差异...

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1.背景 单细胞数据分析在进行完细胞自聚类或者细胞类型注释后，一般需要对查到的差异基因可视化，用来显示基因和细胞群的相关性，进行后续分析。当然Seurat和scanpy本身可...

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hello，大家好，今天我们来分享一下最新常用的聚类算法----leiden，其实大家在看Seurat的函数FindClusters可能会观察到，其中有一个参数algorit...

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1. 文献怎么用 monocle2 ? (1) ex1 作者处理2种细胞使用的策略还不一样！ 中性粒细胞 neutrophil 是先subset出来，去除污染细胞，然后Seu...

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导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）进行宏基因组学分析。 HUMAnN2 在宏基因组研究中非...

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导读 第一次做宏基因组还是在2018年，现在2021很多软件数据库大更新，这里搭建目前比较受认可的流程，即用Kneaddata（trimmomatic bowtie2） kr...

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单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...

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scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...

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处理单细胞不可避免的一个问题就是样本整合问题。那如何将不同器官，不同测序平台，不同物种之间的单细胞数据进行整合分析呢？Scanpy使用python语言构建了一套完整的单细胞分...

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Scanpy 是一个基于 Python 分析单细胞数据的软件包，内容包括预处理，可视化，聚类，拟时序分析和差异表达分析等。https://genomebiology.biom...

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轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...

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之前的timeROC曲线图在：(本来这里应该有个链接，可是已经被封了，又不让放别的平台的链接，所以放不了了。)刚刚对它进行了一点调整和升级。 1.输入数据 需要有3列，生存时...

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轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...

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参考文献：Confronting false discoveries in single-cell differential expression[https://doi.o...