在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时，发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法，发现将小鼠的基因转成人的同源基因即可做。 这篇文章主要...
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小鼠和人的同源基因对应 -
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
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单细胞测序PBMC数据iTALK细胞通讯分析详细演示准备工作，此操作过程根据简书"http://www.jianshu.com/p/dfe35a2a02d4[https://www.jianshu.com/p/dfe35a2a...
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iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化（详细版教程）今天我们说一说另外一种---iTALK，iTALK也在很多文章中出现过，原理是基于受配体平均表达量。它有两个优点，第一是可以比较差异受配体，第二是可视化比较好，我们可以借用借...
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细胞通讯-iTALK使用方法作者：ahworld链接：细胞通讯-iTALK使用方法来源：微信公众号-seqyuan著作权归作者所有，任何形式的转载都请联系作者。 什么是细胞通讯？ 多细胞生物由不同类型的...
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单细胞 （小鼠）| 差异分析＋GSEA通路富集
教程：FindMarkers做差异分析默认就不会返回全部基因 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/d...
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转录组分析（三）--GO及KEGG富集分析及可视化（包括条形图及气泡图）（对差异基因的可视化）
GO分析（上下调基因分开做，可用于BP,CC,MF分开画图） GO分析（上下调一起做，强烈推荐，可以看整体结果，并可选取其中的部分画图） GO 条形图（上下调一起，不过BP,...
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小鼠基因富集分析之任何通路
今天忙里偷闲，自创了一套基于小鼠基因list的富集分析方法，主要原理是将之前用于人的基因富集分析方法搬运到小鼠上，大家可以各抒己见，在下方留言。 那么，开始展示 故事要从一个...
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SCENIC单细胞转录因子分析1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计...
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研究细胞通讯的工具集锦
前面给打大家安利了一篇2021年新鲜出炉的综述：Nature Review|从基因表达解读细胞间的相互作用和交流[http://mp.weixin.qq.com/s?__bi...
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单细胞转录组测序中的降维和聚类前言 在以往常规转录组测序中，由于实验生物学重复，同组内测序得到的数据是接近的，通过简单的线性降维PCA主成分分析法，即可得到想要的可视化结果（组内样本聚集，组间样本分离）。...
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如果你是程序员，或者有一颗喜欢写程序的心，喜欢分享技术干货、项目经验、程序员日常囧事等等，欢迎投稿《程序员》专题。 专题主编：小彤花园 http://www.jianshu.com/users/4a4eb4feee62/ 【程序员】专题拒稿指北：http://www.jianshu.com/p/7c8b33b5f63b 投稿须知： 1.收录相关技术文章，但不限于技术，也可以是项目经验类的文章和程序员日常。 2.文章內不得有任何推广信息。包括但不限于公众号、微博、微信，更不得在通过投稿后再修改文章加入推广信息。你可以将这些推广以及个人信息放在个人主页介绍里。 3.字数极少，段落混乱，大段代码没有放到代码框的文章不收录 4.不相关的内容不收录，请确认文章内容和本专题相关 目前针对优质作者及爱好者，开设了官方程序员微信群，希望加入请发简信给主编小彤花园索取个人微信，主编会将你加入到【程序员】微信群，分享内容，收获知识。添加微信时备注昵称。
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GSEA基因富集分析实战GSEA在很多文献中都有使用到，可以使用R分析，也可以使用GSEA软件进行分析，个人觉得用软件分析出来的图好看些，这里记录一下我用GSEA软件分析的一个实战笔记，主要使用的数...
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单细胞RNA-seq:质量控制分析学习目标： -构建质量控制指标，可视化地评估数据的质量-应用适当的过滤器去除低质量的细胞 单细胞RNA-seq:质量控制 这个工作流程的每一步都有它自己的目标和挑战。对于我们...
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使用scater包进行单细胞测序分析（二）：数据质量控制
scater包提供了一系列的数据质量控制方法，可以对单细胞转录组数据进行严格的质量控制，它主要从以下三个方面进行质量控制QC：QC and filtering of cell...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
