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SCENIC单细胞转录因子分析
1. 简介 SCENIC（single-cell regulatory network inference and clustering）是一个...

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10x HD图片配准
目前经手的10x HD数据，基本上都要进行图像配准。建议先人工对齐，然后再进行spaceranger分析，以免分析完成后发现对不起齐，还要在调整...

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空间转录组-多样本数据合并分析
1. 读入单个样本 2. 合并数据这里补充一点更新：合并空间数据后hvg怎么处理？从github上参考作者回复，有个函数来生成整体的hvg Y...

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多组cellchat数据分析
1. 合并多组数据 2.绘制两组circle图 3.绘制两组bubble图更多详情，可查看官方说明Comparison_analysis_of...

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scDRS
MAGMA安装下载linux版本，在服务器解压即可使用。数据准备 gene location数据image.png reference da...

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使用GWAS分析与疾病相关的细胞类型
数据准备 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p...

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DecontX - 去除单细胞转录组数据中环境RNA污染
DecontX是一种通过去除RNA测序数据中非细胞信号的工具，它适用于单细胞RNA测序数据和高通量RNA测序数据。https://github....

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TCGA数据下载及处理
筛选数据，加入cart 从cart中下载需要的文件红框中为需要下载的文件。我选择了使用linux client和gdc_manifest.t...

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细胞通讯iTALK使用 - 获取pathway LR信息
使用方法参考大佬写的就行 https://www.jianshu.com/p/dfe35a2a02d4[https://www.jianshu....

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