前言在日常分析中，我们经常会遇到对同一物种基因ID和symbol之间的互转，或者是不同物种之间同源基因的互转。虽然目前已经有几个包，比如：biomaRt，easyConver...
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babelgene：满足你对基因互转的所有想象
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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空间转录组去卷积分析工具介绍——CARD简介 目前，单细胞技术发展迅速，单细胞转录组测序可以帮助我们获得组织中每个细胞的基因表达水平，但却无法获得对应空间位置上的信息。空间转录组技术（spatial trans...
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10x HD图片配准目前经手的10x HD数据，基本上都要进行图像配准。建议先人工对齐，然后再进行spaceranger分析，以免分析完成后发现对不起齐，还要在调整后再次跑spaceranger...
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STOmics-seq：Stereopy教程（一）一、背景介绍 大家其实对华大测序的原理什么的都知道，但是以下概念是比较重要的，什么是DNB，bin，我们怎么选择binsize的大小等问题就至关重要了。首先解释以下DNB和b...
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空间转录组-多样本数据合并分析1. 读入单个样本 2. 合并数据 这里补充一点更新：合并空间数据后hvg怎么处理？从github上参考作者回复，有个函数来生成整体的hvg Yes, we do recom...
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多组cellchat数据分析
1. 合并多组数据 2.绘制两组circle图 3.绘制两组bubble图 更多详情，可查看官方说明Comparison_analysis_of_multiple_datas...
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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析1、scDRS的计算原理如下所示： 图片来源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distingui...
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MAGMA软件实现gene-based & gene-set-based关联分析
作者：Bio_gevin审稿：童蒙编辑：amethyst 随着全基因组关联分析使用样本数量的增加，人们也逐渐认识到很多感兴趣的性状在本质上是由微效多基因控制。单个SNP的关联...
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使用GWAS分析与疾病相关的细胞类型
数据准备 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143] 分析工...
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DecontX - 去除单细胞转录组数据中环境RNA污染
DecontX是一种通过去除RNA测序数据中非细胞信号的工具，它适用于单细胞RNA测序数据和高通量RNA测序数据。https://github.com/campbio/cel...
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10X空间转录组学定义肝脏分区和结构成分的转录模式hello，大家好，又是周一，新一周的开始，今天我们要继续分析我们的空间转录组的个性化分析，文章在Spatial Transcriptomics to define tran...
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R语言分数字符串变小数
最近处理数据遇到了分数表示的字符串，希望其能变成小数，现找到如下一些解法例如，有如下分数字符串，要把它转变为小数 第一种方法 利用eval(parse())函数，不多说 第二...
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日拱一卒，功不唐捐💪更多内容https://www.yuque.com/books/share/24352a21-d357-4bd2-b211-fbc801f0cb79?# 《大鱼的生信笔记》