当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。 富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。 一、常规柱状图（...
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转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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转录组下游分析——DEG和GO富集分析
在进行上游的转录组分析后，我们会得到基因的计数文件。通过该文件，我们可以进行下游的DEG分析，获得不同样本的差异表达基因，并可以将这些基因富集到不同的生物学过程。 该...
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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R安装xlsx问题解决在保存输出结果时，一般是将文件保存为txt或者csv格式，如果想要保存成excel常用的格式xls或者xlsx时，则需要安装xlsx包。安装过程如下： 将程序包安装入‘C:/...
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转录组丨limma差异表达分析，绘制火山图和热图
limma差异表达分析 本篇笔记的内容是在R语言中利用limma包进行差异表达分析，主要针对转录组测序得到的基因表达数据进行下游分析，并将分析结果可视化，绘制火山图和热图 [...
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🤩 funkyheatmap | 用这个包来完美复刻Nature Biotechnology的高颜值神图吧！~写在前面 天气开始暖和了☀️，发现旅游的人好多啊！~🥲 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界，实在是太忙了。😷 最近用到的有个包感觉很不错，分享给大家，funkyhe...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
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双曲线火山图一键拿捏日常瞎掰 火山图作为展示差异基因的首选，可以说是生信分析常见的图形了。常规的火山图会在x、y轴方向上添加垂直参考线，以方便区分满足阈值的差异基因。常规的火山图这里就不多了...
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RNA-SEQ(六)：KEGG富集分析及可视化题目：对筛选得到的差异基因做KEGG富集分析。 目的：富集分析给定的基因集对哪些功能的影响有针对性的，不是随机影响的。 内容：1. 将筛选出的基因集导入网页，就可以得到结果。...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
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Trizol法提取RNA及RNA纯度判断Trizol 提取RNA的步骤和注意事项 提取原理 Trizol可以破坏细胞使RNA释放出来的同时，同时使RNA酶变性失活，保护RNA的完整性。Trizol的主要成分为异硫氰...
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荧光定量PCR引物设计设计荧光定量PCR引物的一般原则 1. 引物长度为20或21 bp； 2. 避免引物中连续出现5个或以上相同碱基，例如AAAAA或GGGGG； 3. 每条引物两端的碱基最好是...
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R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）R语言绘制精美漂亮截断图教程 | 代码重复 | （收藏篇）[https://www.zhihu.com/zvideo/1474155001073774592] R语言绘制截断...
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PCR、RT-PCR、qRT-PCR实验精髓
PCR PCR是很多科研者进入实验室做的第一个分子实验，名字听起来很高级，其实操作起来流程还是比较清晰明了，容易上手。聚合酶链式反应(Polymerase Chain Rea...
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R语言：R语言调色板相信各位在肝图表写论文时，一定都会思考：这张图表用啥颜色？论文整体配色搭配怎么把控才好看？ 毕竟高分期刊大牛文章的共通点，除了论文精彩，整体配色也十分具有吸引力。 许多在线配...
