导读 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速...
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16S测序分析（一）菌属丰度表获取 -
转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图
当富集分析完成，拿到如下的分析结果后，就可以进行作图了。 富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图，但是公司默认出图实在是太丑，所以还是自己动手修改修改。 一、常规柱状图（...
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clusterProfiler: 分析+可视化GO和KEGG富集的转录组R包写作之友 基因和基因簇的功能谱 (functional profiles) 的统计学分析及可视化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
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转录组下游分析——DEG和GO富集分析
在进行上游的转录组分析后，我们会得到基因的计数文件。通过该文件，我们可以进行下游的DEG分析，获得不同样本的差异表达基因，并可以将这些基因富集到不同的生物学过程。 该...
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StringTie + DESeq2 进行 RNA-seq 差异基因分析按：RNA-seq 流程非常多样化，每一个步骤可选工具都非常多。我的选择是 StringTie 进行组装取得 read counts 数值，DESeq2 分析差异基因。这里把...
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R安装xlsx问题解决在保存输出结果时，一般是将文件保存为txt或者csv格式，如果想要保存成excel常用的格式xls或者xlsx时，则需要安装xlsx包。安装过程如下： 将程序包安装入‘C:/...
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转录组丨limma差异表达分析，绘制火山图和热图
limma差异表达分析 本篇笔记的内容是在R语言中利用limma包进行差异表达分析，主要针对转录组测序得到的基因表达数据进行下游分析，并将分析结果可视化，绘制火山图和热图 [...
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🤩 funkyheatmap | 用这个包来完美复刻Nature Biotechnology的高颜值神图吧！~写在前面 天气开始暖和了☀️，发现旅游的人好多啊！~🥲 不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界，实在是太忙了。😷 最近用到的有个包感觉很不错，分享给大家，funkyhe...
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Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图！featureCounts是一个用来统计count数的软件，运行的速度飞快，比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件： 然后来说这次的流程...
