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  • 使用bcftools提取vcf文件中的特定信息

    可以使用工具 bcftools 中的 view 命令结合选项 -r 和 -s 来挑选特定的 SNP 位点。 选择感兴趣的样本,使用 -s 选项,...

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    问题汇总(持续更新)

    R 1. plot()后并不能进行绘图 直接输入dev.new()即可解决问题 2. 在Linux上,R包安装不上的情况 以后直接用conda安...

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    pheatmap的基本使用

    pheatmap是R语言中绘制热图的一个非常流行的包,通过设置不同的参数能够画出精美的图。因此,本文章介绍一些pheatmap的一些基础用法,以...

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    提取出Seurat中的umap信息用ggplot绘图

    1. 导出数据 2. 绘图 结果如下所示

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    使用hclust以及ggtree进行层次聚类可视化

    1. 首先读取数据 2. 数据处理 3. hclust聚类 4. 使用cutree对树进行修建及分组 5. 使用ggtree绘制圈图

  • 处理数据过程中的一些小技巧(持续更新)

    Linux 以列为单位合并两个文件 使用awk提取文件中某两列有多少相同元素 使用awk提取文件中第一行中包括特定元素的字符串所对应的列的内容 ...

  • seqtk_demultiplex的使用

    本文中转自根据Barcode序列拆分fastq文件[https://www.plob.org/article/14515.html] seqtk...

  • fastq-multx的使用

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  • 转录组下游分析——DEG和GO富集分析

      在进行上游的转录组分析后,我们会得到基因的计数文件。通过该文件,我们可以进行下游的DEG分析,获得不同样本的差异表达基因,并可以将这些基因富...