ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些基因启动子区域并调控它们的转录，以及更高级的分析识别该转录因...
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使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释 -
ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组范围内推测可能的开放染色质位点...
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ATACseq 分析流程ATACseq 基本原理如下图所示。真核生物 DNA 与核小体结合形成染色质，结合的紧密程度是动态变化的。当 DNA 需要复制或转录时，结合变得松散让 DNA 暴露。暴露的 ...
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GENIE3——一款预测基因调控网络的R包
在网上随意浏览的时候，无意间发现另一种可以构建调控网络的软件，叫做GENIE3。这是一个R包，直接在R里运行。这款R包基于你的表达矩阵来推测基因之间的调控关系。 虽然共表达网...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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Linux中pong 的安装和使用引言 pong可用于admixture结果可视化 官方网址：GitHub - ramachandran-lab/pong: Fast analysis and visuali...
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ggplot2 - 柱状图简介 柱状图一般用于，当我们都有一组分类变量以及每个类别的定量值，而我们关注的主要重点是定量值的大小时。 应该在柱状图背景保留横网格线，便于比较我们关注的值。 当分类labe...
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R packages|ggcorrplot : 相关矩阵的可视化(热图)在R中可视化相关矩阵(correlation matrix)的最简单方法是使用corrplot包。另一种方法是在ggally包中使用函数ggcorr()。 但是，ggally...
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snp数据构建NJtree（phylip软件）参考链接 SNP数据构建系统进化树 - 简书[https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8]https://www.jianshu.com/p...
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连锁不平衡以及连锁不平衡衰减[连锁不平衡粗俗的说就是：这几个基因耍流氓，喜欢抱团遗传，不再随机。而连锁不平衡衰减是指在基因组上，随着物理距离的增大，两个连锁的的等位基因的连锁程度不断减小。] LD衰减图...
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群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
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使用bcftools提取vcf文件中的特定信息
可以使用工具 bcftools 中的 view 命令结合选项 -r 和 -s 来挑选特定的 SNP 位点。 选择感兴趣的样本，使用 -s 选项，比如选取样本 A、B、C： 选...
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问题汇总（持续更新）R 1. plot()后并不能进行绘图 直接输入dev.new()即可解决问题 2. 在Linux上，R包安装不上的情况 以后直接用conda安装R包，直接进入anacond...
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plink 进行PCA分析当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简单操作 本次使用train.vcf.gz 作为例子 第一步：...
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请问我画图之后每个组并不相邻，而是按照样品顺序排列的是什么问题呢？
pheatmap行列分组颜色/annotation_row/annotation_col使用
1.数据如图，8列表示8个样本，每一行是一个基因。 library(pheatmap)library(gplots)library(permute)library(latti...
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pheatmap的基本使用pheatmap是R语言中绘制热图的一个非常流行的包，通过设置不同的参数能够画出精美的图。因此，本文章介绍一些pheatmap的一些基础用法，以供参考。 我们也可以按照分组进...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 pheatmap前言 在前面的章节中，我们介绍了如何使用 ggplot2 绘制热图 ggplot2 绘制热图的方式很多，如 geom_raster、geom_tile 等 但通常仅仅绘制热图...
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R语言——使用pheatmap包绘制热图提到热图，大家应该都不陌生。在文献中，热图常通过将数值映射为颜色，利用颜色变化直观地展示基因在不同样本中的表达情况、基因与基因之间的相关性等等。那么，今天就给大家介绍一下如何...
