发简信
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不同参考基因组之间坐标的转换
litover只能提供一些热门基因组的转换，而西农开发的RGD只有一小部分基因组，不过非常棒的是他们提供了maf文件，这是手动创建chain文件...
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SIFT构建本地数据库与注释0.写在前面 SIFT本身内置了许多常见物种的评分数据库，在尝试构建自己的库之前，先在官网找找有没有自己需要的。但是有些库上次更新时间有点吓人。...
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AGAT-Another Gtf/Gff Analysis Toolkit
0.写在前面 研究这个软件，主要是想利用它创建只有CDS区域的注释文件以解决snpEff注释软件的局限性，希望能做到吧。其具体的，多样的功能见：...
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Haploview软件进行连锁不平衡（LD）分析0.写在前面 LD分析可以帮助识别基因组中的LD区块，即一段连续的位点之间存在很强的LD的区域，这些区块可能包含重要的功能元件或者遗传变异。在l...
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使用ADZE计算allelic richness (Ar) 和 private allele richness (pAr)0.写在前面 软件官网：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/adze.html[https:...
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Popgene微卫星使用笔记1. 输入文件准备 1. 从GeneMaker阅读汇总微卫星的位点信息 2. 转换为ABCD...基因型 按照固定的规则转换基因型，各个位点的A...
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Fst两种奇妙的用法
1.global Fst 筛选出来的Fst值较大的区域，意味着在这些群体间的分布不均匀，对于研究单个群体没什么用这方法只能给出整个群体中受选择的...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这...
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ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide...