介绍：使用PopLDdecay软件生成群体的LD衰减图。从大群体中提取subgroup的vcf作为PopLDdecay的输入。 使用PopLDdecay中程序Plot_Mul...
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LDdecay使用介绍 -
组会论文 | Nat Genet：大规模多性状全基因组关联分析鉴定数百个青光眼风险位点《Large-scale multitrait genome-wide association analyses identify hundreds of glaucoma ...
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VCFtools的使用(参数说明)
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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GATK4.1 call SNP
GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同，更加趋于流程化。 软件安装 下载GATK 目前最新版是4.1.9.0 全部的版本链接在：https://github.com...
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ggplot2学习笔记系列之利用ggplot2绘制误差棒及显著性标记YanTao 绘制带有误差棒的条形图 绘制带有显著性标记的条形图 绘制两条形图中间带有星号的统计图 为图形添加标题 图形标题有图标题、坐标轴标题、图例标题等 上次有人问坐标轴...
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不同参考基因组之间坐标的转换
litover只能提供一些热门基因组的转换，而西农开发的RGD只有一小部分基因组，不过非常棒的是他们提供了maf文件，这是手动创建chain文件中最耗时间和资源的一步。本文主...
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基于Vcf文件进行基因单倍型分析单倍型，是单倍体[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的简称，在遗传学上是指...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件储存的是样本的变异信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式进行分析，最终会获得单个样本的变异数据。这种文件很难对同组不同样本进行差异...
