相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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批量处理——基因与免疫细胞的相关性 -
【数据库】TISIDB→肿瘤免疫大合集在做肿瘤免疫相关性分析时，发现一个神奇的网站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析
在用Seurat包做多样本整合的时候，我们通常采用两种方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合这里我们来解析一下FindInt...
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scRNA基础分析-2：降维与聚类scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/4b751d379e71]scRNA基础分析-2：降维与...
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单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。后...
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单细胞转录组分析之DoubletFinder去除双细胞单细胞转录组，因为其技术原因，在很多时候，会造成双细胞的情况，一般我们进行基础的质控之后，好点的数据是没有问题的。目前也有很多算法进行双细胞的预测，但是一定要注意，无论是哪种...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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TISCH || 肿瘤免疫单细胞中心肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释，使不同癌症类型的TME得以探索。 ...
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数据质控-单细胞转录组分析的数据质控scRNA-seq03背景：单细胞转录组数据的质量控制，质量控制去除（1）低质量的细胞（2）双胞（3）RNA污染的细胞 1.去除低质量的细胞什么样的细胞是低质量的细胞呢？通常是检测到的基因数目少、...
