相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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批量处理——基因与免疫细胞的相关性 -
【数据库】TISIDB→肿瘤免疫大合集在做肿瘤免疫相关性分析时，发现一个神奇的网站：TISIDB(an integrated repository portal for tumor-immune system i...
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Seurat包其中的FindIntegrationAnchors函数解析
在用Seurat包做多样本整合的时候，我们通常采用两种方式：（1）merge的方式（2）FindIntegrationAnchors的方式整合这里我们来解析一下FindInt...
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scRNA基础分析-2：降维与聚类scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控 - 简书 [https://www.jianshu.com/p/4b751d379e71]scRNA基础分析-2：降维与...
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单细胞转录组测序---多样本整合分析完整代码
最近做了天然胸腺单细胞测序结果的分析，我在GEO数据库中下载了10个样本（GSE182135），完整的的代码如下，做一个记录，还在摸索阶段，如果有不对的地方也请大佬们指正。后...
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单细胞转录组分析之DoubletFinder去除双细胞单细胞转录组，因为其技术原因，在很多时候，会造成双细胞的情况，一般我们进行基础的质控之后，好点的数据是没有问题的。目前也有很多算法进行双细胞的预测，但是一定要注意，无论是哪种...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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TISCH || 肿瘤免疫单细胞中心肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释，使不同癌症类型的TME得以探索。 ...
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数据质控-单细胞转录组分析的数据质控scRNA-seq03背景：单细胞转录组数据的质量控制，质量控制去除（1）低质量的细胞（2）双胞（3）RNA污染的细胞 1.去除低质量的细胞什么样的细胞是低质量的细胞呢？通常是检测到的基因数目少、...
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结合Seurat批量去双胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我们一般拿到单细胞矩阵需要做的一个预处理步骤是去双胞，而常用的一个R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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scRNA基础分析-1:安装包、导入数据、过滤质控已经学习了转录组基本入门知识，现在了解、学习下单细胞转录组(scRNA)相关知识。依旧是站在巨人的肩膀上看世界，入门学习目前主要参考 微信公众号--生信会客厅的单细胞转录组分...
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R表格导出的笨办法今天本打算写ggplot学习的心得，可本周的学习小组回答问题花费了一些时间，学完已经将近11点了。无奈只好今天准备一下数据，下回继续吧。 关于入门学习小组的报名，下一次开课是...
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简书答疑公告
其实我转移到了别的平台，简书很久才看一次，评论看到的时候基本已经过去很多天，另外平时工作繁忙，很少有功夫回复。如果是跟我的教程学习，有卡住的情况，迫切需要我帮助的问题，请参考...
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WGCNA（三）代码实现0.数据预整理 这是从GEO数据库下载的数据，GSE199335。 整理数据的代码，尤其是分组信息和探针注释，因数据而异。 下面的代码主要自WGCNA的官方文档，本强迫症进行...
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③ 构...
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