@一米阳光_8e32 没有，不研究大蒜
大基因组文章 | 大蒜 《Molecular Plant》 2020葱属植物是一个大的单子叶植物类别，含近千个物种，其中不少物种具有显著的经济价值。大蒜是重要的葱属作物之一，我国大蒜的年播种面积达到1000万亩以上。**大蒜具有膨大的鳞茎，富...
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文献阅读集锦 | 泛基因组
2023 年 Nature Genetics | 橙超级泛基因组揭示柑橘属和柑橘亚科植物起源并鉴定调控果实柠檬酸积累的关键基因[https://mp.weixin.qq.co...
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@xwl123 已修改，谢谢
基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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11 篇 Science 连发！解析基因组的关键之处，揭示人类健康和疾病的相关信息导读 从两克重的大黄蜂到重达数吨的鲸鱼，地球上存在着包括人类在内的丰富的物种，在过去的漫长时间里，它们几乎适应了地球上的所有环境。其中，哺乳动物是最多样化的一类动物，无论是在...
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MODA创刊号｜未来农业的100个重要问题在农业问题上，世界正处于一个十字路口。全球人口持续增长，对食品的需求也在不断增加，这给我们的农业资源和实践带来了巨大压力和挑战。因此，我们在全球发起了未来农业重要问题的征集。...
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你好！我也是最近在学校阶段，还没有涉及ATAC-seq呢
scRNA-Seq | 多样本Seurat+CCA整合
一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...
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scRNA-Seq | 多样本Seurat+CCA整合一、前言 左边的图简单地把多个单细胞的数据合并在一起，不考虑去除批次效应，样本之间有明显的分离现象。右边的图是使用算法校正批次效应，不同的样本基本融和在一起了。scRNA数据...
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scRNA-Seq | 单细胞亚群合并与提取本文涉及：亚群合并，亚群提取，亚群细分，亚群抽样 一般来讲，不同亚群的细胞具有不同的功能，因此亚群分析对于研究十分重要，会影响后续分析结果。 进行细胞亚群的分群的依据： 细胞...
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scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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scRNA-Seq | Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）
适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，可能对研究结果产生极大影响。批次效应可由聚类...
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scRNA-Seq | Seurat 打通单细胞常规流程Seurat standard pipeline(10核心流程) 创建Seurat对象 Read10X CreateSeuratObjecet质控 PercentageFea...
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scRNA-Seq | Seurat 包原理解析seurat 涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿，也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子，来梳理一下。 一、读入数据。 Read10X(...
