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scanpy 构建假细胞 2024-11-22
python 将多个细胞的表达量合并成一个假细胞的表达量。
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Scanpy 计算DEG格式转换 2024-09-05
用惯了Seurat计算DEGs，使用Scanpy进行计算得到的格式会很不适应，可读性有点差，因此可以使用以下函数进行格式转换，并且根据FC进行了...
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单组火山图和多组火山图展示差异表达基因（DEGs） 2023-10-12前言 在各种RNA测序数据中，我们几乎都避不开差异表达基因（DEGs）的分析。我们可以用气泡图，提琴图和热图等展示不同细胞亚群或样本的差异基因表...
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使用clusterProfiler进行基因集富分析两个函数就够了 2023-09-12背景 做单细胞转录组分析时，通过找差异基因可以得到很多基因集，一方面我们需要看这些基因集的相对表达量是否显著上/下调，但我们往往更关注这些差异基...
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使用monocle3进行拟时序分析（从Seurat对象开始）2023-08-31适用背景 单细胞转录组分析中如果涉及到发育或具有时间序列的细胞谱系，往往需要进行拟时序分析，而最最最常用的拟时序分析软件就是Monocle，如今...
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单细胞Scanpy常用脚本2023-08-28
前言 Scanpy是基于Python语言的类似Seurat的单细胞转录组分析工具，本文汇集了Scanpy的常规操作。 加载模块和设置 读入矩阵 ...
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使用WGCNA分析单细胞转录组数据（懒人版） 2023-05-18
背景介绍 WGCNA是权重基因共表达网络分析，是常规转录组和单细胞转录组的重要分析内容之一，能找到与表型相关联的基因模块，所谓基因模块其实就是基...
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使用WGCNA分析单细胞转录组数据 2022-09-15共表达基因网络分析构建假细胞的函数 画网络图的函数 读取数据并构建假细胞，需要选择归一化的矩阵，故选择data 构建表型数据，即生成无监督聚类类...
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R语言保存单细胞矩阵的四种方法 2023-05-18
背景介绍 最近，一位师兄问我有哪些输出单细胞大数据矩阵的方法，于是趁机整理了一下我平时遇到的保存单细胞矩阵的有关脚本，总共有四个方法，分别保存为...
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