混合线性模型MLM：GLM模型中，如果两个表型差异很大，但群体本身还含有其他的遗传差异（如地域等），则那些与该表型无关的遗传差异也会影响到相关性...

TASSEL利用固定效应线性模型来测试分离位点和表型之间的关联。该分析可以选择使用指示基础总体成员程度的协变量来考虑总群结构。仅主效应模型是使用...

使用Q矩阵作为协变量使用emmax进行GWAS分析 数据准备 1.上个推文中vcf转的tped文件snp_filter.mapsnp_filte...

介绍如何使用SNP数据进行GWAS分析，软件选择为emmax和tassel。 软件选择 emmaxplinkqqmanCMplot 数据准备 v...

全基因组关联分析（GWAS） 全基因组关联分析（Genome wide association study，GWAS）是对多个个体在全基因组范围...

LD概念 连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)也叫等位基因关联，是指不同座位的两个等位基因出现在一条染色体上的频率...

Structure分析 Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。先预设群体由若干亚群(k=...

PCA PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降...