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PAML正选择文献阅读与计算方法-自用版 -
群体遗传 || Pophelper-群体结构可视化学习
Pophelper基本说明 群体遗传下游分析中的一项常规分析即是群体结构的分层展示(STRUCTURE ANALYSIS)，不同于系统树和PCA，群体结构分层可以分断出小群体...
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跟着Science学保守元件(Conserved Elemtns)的鉴定0.代码来源文章参考:《Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evoluti...
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二代测序通过bam文件统计深度和覆盖度2024年3月1日更新 推荐直接用最近的新软件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C语言写的，速度很快。 以下为旧...
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Fastsimcoal2 模拟群体案例假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本： 我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程，这个演化过程是时间回溯的，从下往上依次来描述这个过程：...
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仅作个人笔记 - 早期基因流的fastsimcoal2模型的配置文件仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂 只谈两个群体 配置文件来自于fsc论坛https://groups.google.com/g/fastsimcoal/c/AKrF...
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fastsimcoal基因流和种群历史动态可视化解读参考 大型基因组SLAF-seq蕨类植物孢子强扩散能力下生态适应塑造的遗传分化格局Ecological adaptation shaped the genetic struc...
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这篇文章又被锁定了 1.文件处理...
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箱线图进行方差分析并添加显著性标记欢迎关注R语言数据分析指南 本节来介绍如何在计算多样性指数的基础上来进行显著性标记，可在文末找到获取数据的方式 加载R包 导入数据 定义函数计算多样性指数 数据整理 定义颜色...
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统计fasta/fastq的序列长度及其分布展示首先得到每条序列的长度，在这里使用seqkit[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#fx2tab-tab2fx]软件。seqkit...
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OrthoDB / Orthologer
Orthologer 为 OrthoDB 的应用程序 1. 安装 用docker安装Orthologer :docker pull ezlabgva/orthologer:v...
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利用R包ggmsa进行多序列比对_2020-05-31## 1.设置当前工作目录 setwd("./ggmsa") ## 2.安装和导入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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哺乳动物器官中基因表达水平的进化
The evolution of gene expression levels in mammalian organs[https://pubmed.ncbi.nlm.nih...
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保持好奇，持续学习
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hicPro+EndHiC(二)染色体挂载
EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎么使用呢？不得不说一下，git...
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chopper---过滤和质控你的测序reads
有些时候，我们得到的测序reads，长度超过了测序平台的最长测序量或者说长度太短了不利于进行后续的组装，例如：HiFi测序一般在15kb~20kb左右，但是你的hifi re...
