今天给小朋友数据可视化工具时候，发现国内很多人开发出来数据可视化平台，可以满足许多数据可视化需要。想着干脆整了一个目录贴。简单记录下来，几个我不时会看到的，都是非常漂亮的工作...
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整理贴 | 生物信息学数据可视化平台~国人作品 -
植物研究相关数据库汇总
01综合性数据库 http://www.bioinfo.wsu.edu/ 作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库 https://www.agbiodata.o...
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Linux scp命令远程拷贝复制
Linux scp命令用于Linux之间复制文件和目录。scp是 secure copy的缩写, scp是linux系统下基于ssh登陆进行安全的远程文件拷贝命令。语法 简易...
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99%的人都不会做的Excel截断柱状图文不如表，表不如图。 Excel很大的一个优势是，能够很方便地制作各种数据图。但，有时我们制作的柱状图，会出现这样的情况： 例：和马云、王思聪对比年收入(本文数据纯属虚构,不...
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基因组- genome survey（1）尚未进行基因组测序的物种，在进行基因组测序前，首先需对该物种进行 genome survey。一般通过两个途径：细胞遗传学（这里只讲流式细胞术）和基因组测序 1、基因组大小定...
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用MEGA软件构建NJ树（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遗传分析 MEGA是一款操作简单的系统发育分析软件。 NJ法构建的树...
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构建发育树 Bootstrap值
即自展值，可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%，则认为构建的进化树较为可靠。如果Boo...
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使用wgd进行全基因组复制分析这篇教程是我在2019年9月左右分析WGD时的笔记。目前来看，背景介绍和软件使用说明都基本没啥问题。但是现在更建议大家使用wgdi进行比较基因组学中相关分析，教程见如何用WG...
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BUSCO评估基因组组装和完整性BUSCO是Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs（通用单拷贝同源基因基准）的缩写，基于基因进化（有参比对）评估基因组组装和...
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FigTree进化树批量修改ID教程来源https://www.omicsclass.com/article/675 FigTree可以基于系统进化树分析文件nwk进行进化树显示和美化，具体可以参考：htt...
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统计-R(相关系数)与R^2(决定系数)傻傻分不清读文献时，有时求相关系数，有时求拟合优度，到底都是什么呢？ 先给结论，R与R^2没有关系，就如同标准差与标准误差没有关系一样。 1. 相关系数（R） 定义：变量之间线性相关的...
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mcmctree估算物种分歧时间推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义。通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进展中已经成为了必不可少的“套路...
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代谢组差异代谢物分析简介差异代谢物分析 差异代谢物分析包括多元统计分析和单维统计分析，其中多元统计能捕捉到具有相互关联的差异性变量有利于代谢调控网络研究；单维的统计能独立分析单个变量的统计学意义，在...
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最大简约法（Maximum Parsimony）选择最优树——NP-complete问题 （以下内容都是基于Christopher P. Randle教授在研究组上交流时的课件整理而来。感谢Christopher。） 在介...
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进化树构建方法的选取
比较几种主要的构树方法，一般情况下，若有合适的分子进化模型可供选择，用最大似然法（ML）构树获得的结果较好；对于近缘物种序列，通常情况下使用最大简约法(MP)；而对于远缘物种...
