这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
发简信
IP属地：海南
-
-
-
一文解决Cellphonedb单细胞互作分析及可视化作图（1）CellPhoneDB作为出镜率很高的细胞互作分析工具，也是大家公认的。网上有很多教程，按理说在自己单细胞系列也应该出一个教程，但是由于CellPhoneDB是基于pytho...
-
三大经典在线生存分析工具测评导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...
-
TCGA癌症类型和样本代号解析之前分析TCGA数据都是直接匹配barcode，其规则懂的不多。相信有不少同志也有这方面困惑。 这里给出两份资料，一份是TCGA官方英文介绍，链接为https://wiki....
-
10X单细胞空间数据分析之表征细胞状态和生态型（EcoTyper示例代码）隔离的第四天，一个人的日子总是很难熬，孤独的生活却总是来到我的身边，这一篇我们来分享EcoTyper的示例代码，帮助我们来寻找细胞特异性转录状态和共关联模式。这篇发表于cel...
-
10X单细胞空间数据分析之表征细胞状态和生态型（EcoTyper）隔离的第三天，一个人的日子总是很难熬，没办法，孤独总是常伴我身，今天我们分享的文献在Atlas of clinically distinct cell states and ...
-
@Bethmont 正常的p值经过fdr或者bh校正后就是bh值，它也是我们常说的padj或fdr，q值通常不在我们的考虑范围内，我们考虑一般是 是否拒绝原假设
生物节律之metacycle和cosinor分析（1）
1.JTK 使用metacycle包进行JTK的分析，其实metacycle包中可选的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
-
@夜阑听雨_fa72 好像只能两组
生物节律之metacycle和cosinor分析（1）
1.JTK 使用metacycle包进行JTK的分析，其实metacycle包中可选的分析方法有ARSER(Yang, 2010)，JTK_CYCLE( Hughes, 20...
-
@yangzn1027 意义不大，后续计算的值都是基于振荡的情况下算的，但考虑到显著性与样本数量和采样密集程度关系很大，在样本量少或者采样不密集时也可以简单看下
生物节律之cosinor分析——终极R包circacompare（5）
前面我们已经介绍了cosinor差异分析最常用的两个包：cosinor和cosinor2包，这两个包其实已经做得非常好了，就是还有一点点缺陷，下面一起来看看它们的缺陷： 1....
-
第9篇：差异peaks分析——DiffBind学习目标 学习用DiffBind流程评估两个样本间的差异结合区域 用PCA评估样本间的关系 评估不同工具得到的差异peaks的一致性 评估差异peaks富集的工具 ATAC-...
-
ChIP-Seq分析
Introduction to ChIP-Seq using high-performance computing https://hbctraining.github.io...
-
CHIPseq流程1. 环境配置 2. 数据下载 (1)prefetch下载 首先找到要下载的数据（SRR...号）创建project文件夹 利用chipseq环境中prefetch 软件进行...
-
基础医学，学习生信分析中
-
第3篇：用MACS2软件call peaks学习目标： 学会用MACS2 call peaks 理解MACS2 call peaks的结果 Peak Calling Peak calling即利用计算的方法找出ChIP...
-
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦！
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高通量测序，使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。 来自同济大学的研究人员开发了人类和小鼠...
-
Bulk RNA-Seq 差异表达分析流程以前写过不少零散的 RNA-Seq 分析文章，现在整理为流程，同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析。 前处理 拿到原始 fastq 数据先进行前处理。前处理包...
-
炼丹女巫（史称道姑）精分在生活外的闲散人格
