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    R 针对KEGG ORTHOLOGY的Lefse分析

    在拿到PICRUST2预测的KO丰度表格后,我们其实接下来也可以像完成优势物种进化分支图一样来针对KO的Lefse分析首先接上篇,获取KEGG ...

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    R 下载和整理KEGG ORTHOLOGY文件

    登录KO (KEGG ORTHOLOGY) Database[https://www.kegg.jp/kegg/ko.html],进入下图页面:...

  • R 常用微生物距离函数记录

    总结:第1、6、7距离算法较多,但是1计算距离前无法对原始OTU进行hellinger转换,相反6和7均可以,但是7操作步骤稍显复杂,使用6更快...

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    利用MicrobiotaProcess完成LEFse分析(近似)

    对于Lefse来说,首先测试所有特征在不同类中的值是否存在差异分布。其次,对显著不同的特征进行事后检验,不同类中子类之间的所有两两比较应都明显符...

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    R语言 RDA分析(去冗余物种)

    也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触...

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    生物节律之衰减昼夜节律计算:circacompare使用篇(6)

    最近在进行lumicycle实验,接触到了细胞上面的衰减的昼夜节律。关于这一点,和动物造模有所不同,在细胞上面,由于细胞过于密集+培养时长延长+...

  • Tax4Fun2 16s扩增子群落功能预测 使用小结

    Tax4Fun2是一个基于16S rRNA数据集预测微生物群落功能的R包,是Tax4Fun的升级版本。其发布在Github项目bwemheu /...

  • IQ-tree2构建系统发育树使用小结

    IQ-TREE是一款用于系统发育推断的高效软件(Efficient software for phylogenomic inference),其...

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    R 缺失值处理

    处理方法:常规方法 由mape(Mean absolute percentage error,平均绝对百分比误差)可知,以上的效果都不咋的,随机...