发简信
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R 针对KEGG ORTHOLOGY的Lefse分析在拿到PICRUST2预测的KO丰度表格后，我们其实接下来也可以像完成优势物种进化分支图一样来针对KO的Lefse分析首先接上篇，获取KEGG ...
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R 下载和整理KEGG ORTHOLOGY文件登录KO (KEGG ORTHOLOGY) Database[https://www.kegg.jp/kegg/ko.html]，进入下图页面：...
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R 常用微生物距离函数记录
总结：第1、6、7距离算法较多，但是1计算距离前无法对原始OTU进行hellinger转换，相反6和7均可以，但是7操作步骤稍显复杂，使用6更快...
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利用MicrobiotaProcess完成LEFse分析（近似）对于Lefse来说，首先测试所有特征在不同类中的值是否存在差异分布。其次，对显著不同的特征进行事后检验，不同类中子类之间的所有两两比较应都明显符...
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R语言 RDA分析（去冗余物种）也做了挺多次RDA分析，自己现在小结一下RDA分析流程： 就我个人而言，虚线前面都是不太经历的步骤，我一般不会主动删去样品的环境信息，因为我接触...
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生物节律之衰减昼夜节律计算：circacompare使用篇（6）最近在进行lumicycle实验，接触到了细胞上面的衰减的昼夜节律。关于这一点，和动物造模有所不同，在细胞上面，由于细胞过于密集+培养时长延长+...
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Tax4Fun2 16s扩增子群落功能预测 使用小结
Tax4Fun2是一个基于16S rRNA数据集预测微生物群落功能的R包，是Tax4Fun的升级版本。其发布在Github项目bwemheu /...
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IQ-tree2构建系统发育树使用小结
IQ-TREE是一款用于系统发育推断的高效软件（Efficient software for phylogenomic inference），其...
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R 缺失值处理处理方法：常规方法 由mape（Mean absolute percentage error，平均绝对百分比误差）可知，以上的效果都不咋的，随机...