相关系数(回归系数)检验 其实在(2)中已经提到了相关系数和回归系数，在计算过程中，直接返回了对应的p-value，因此可以直接使用p-value。 1.相关系数 2.线性回...
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Python气象数据处理与绘图(4)：显著性检验
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R绘图|pheatmap热图绘制——中阶篇
本次内容在pheatmap热图绘制——基础篇的基础上展示如何在热图上体现不同的功能分区，以及如何根据聚类结果将不同的cluster分开？ 首先清除环境，安装并加载所需要的R包...
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单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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R语言分析4：一致性聚类分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚类是一种提供定量证据的方法，用以确定数据集中可能的聚类的成员及数量，例如微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用，以发现了新的疾病分子亚类。一致性聚类方...
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R 数据可视化 —— ggsci 配色前言 在绘图时，如何搭配颜色，是一个很让人头疼的问题。今天要介绍的包 ggsci 能大大减轻我们的负担。 ggsci 提供了很多高质量的颜色搭配，其灵感来自于各种 SCI 杂...
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单细胞之堆积柱状图绘制前言 往往在每一篇单细胞文章的Figure 1中，我们都可以看到一个描绘细胞在cluster或者在样本的含量图。因此，本文就是为了介绍如何绘制这个子图。 正文 参考了单细胞s...
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单细胞中应该如何做GSVA？此前我们已经花了三篇推送的篇幅去详细介绍了GSVA： 文献阅读系列（九）、一文了解GSVA原理[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzI...
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单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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FindClusters选择多少resolution合适？日常瞎掰 昨天看到一个关于女孩找对象方面的笑话，大概内容是这样的：一个女孩天天为应该找一个什么样的男朋友而纠结，于是这个女孩便向大师寻求帮助。 “大师，我应该找一个什么...
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单细胞分析——如何确定合适的分辨率（resolution）水滴石穿，非一日之功 本期内容同时发布于单细胞天地微信公众号。 在进行单细胞分析时，非常重要的一步就是聚类分群，而在这个过程当中经常令人困惑的是如何选择一个合适的分辨率（re...
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R语言- future.apply 高效并行化计算任务
future.apply 是一个基于future包的并行计算工具包，提供了一种简单而高效的方式来并行化 apply函数族 的操作。 并行计算：future.apply包可以将...
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单细胞数据分析中future包的使用跑锚点整合的时候遇到报错 提示future.globals.maxSize不足解决办法参考：stackoverflow[https://stackoverflow.com/q...
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soupX原理介绍文章简介 背景简介 soupX可以是单细胞转录组数据分析中 质控中的步骤。基于液滴法的单细胞转录组测序，液滴有以下其中情况，理想情况的 是单个细胞内转录组表达情况1，大多数...
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CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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结合Seurat批量去除环境RNA污染（SoupX）2022-05-19相似关键词 背景RNA，环境RNA，RNA污染，游离RNAbackground mRNAs, ambient RNA, RNA contamination, cell fr...
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6. ggplot图层-after_stat()在做什么？
在增加一个layer之前，思考下每个layer的目的，一般来说，一个layer有三种目的：1）展示data，这一层几乎出现在所有图像上。2）展示data的statisti...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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【R>>ggh4x】ggplot2分面hacksggh4x是ggplot2的扩展包，其火星文发音为G-G-hacks。主要功能包括调整分面大小(adjusting the sizes of facets)，mapping ...