① 分开跑后发现是gg1 + gg2出问题存成pdf即可解决 ② 这个就比较明显，netAnalysis_computeCentrality一下就行，需要两个cellchat...
IP属地：北京
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跑cellchat遇到的bug
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cellchat debug小记，人家的第一次哦！目前你近几天如果初次运行cellchat，应该在运行到如下这几行命令会报错！！！ 报错如下，懂的都懂，不解释。 怎么报出的错呢？我们一步一步来看。首先我们运行了这一步命令，想...
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课程复习----多样本进行共定位分析作者，Evil Genius 过年前我们就先停一停把，多复习复习。 这一篇我们进行多样本的细胞类型共定位分析。 但是要注意，这里的多样本指水平重复的空间样本， 不同组（例如疾...
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研究专题 │ 基于新兴生物标志物cfRNA的前沿应用与案例研究背景 细胞外游离RNA（cell-free RNA，cfRNA)是存在体液中细胞外的RNA片段，由各种组织通过细胞代谢与凋亡，释放到循环血并游离在体液中。cfRNA包含多...
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R可视化之pheatmap绘制聚类热图并导出聚类后基因顺序
100天生信-Day1 热图是很方便的数据可视化方法，很多情景下简单、实用。比如在拿到RNA-seq表达矩阵后大概看一个表达情况，而且可以做个聚类大体了解基因表达模式（当然样...
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如何给Seurat对象的基因重命名？【基因名转换】2022-07-27
适用背景 在单细胞分析中，必要的一步是对每个细胞进行注释，这相当于给每个细胞打个标签，或者说起个别名，这些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改细胞名字，S...
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玩转单细胞(7)：修改Seurat对象基因名称玩转单细胞(2):Seurat批量做图修饰[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247486164&i...
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一文看懂10X VDJ
作者：童蒙编辑：angelica 01.什么是BCR和TCR B细胞和T细胞中发现的受体分别被称为B细胞受体（B Cell Receptor ，BCR）和T细胞受体（T Ce...
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seurat和scanpy中的基因集打分函数
seurat中的 addmodulescoreSeurat的打分函数AddMouduleScore - 简书 (jianshu.com)[https://www.jians...
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R构建seurat和scanpy 重复基因处理方式不同在处理病毒数据的时候遇到一个问题，由于有不同病毒对应的 蛋白编码基因相同，导致读取的时候出现问题：主要是在R中"ORF1ab"读取为0但是scanpy中读取为13.548，这...
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用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.g...
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SCI期刊投稿的图片要求和作图规范都在这里大家在投稿前首先需要解决的就是投稿的规范和要求了。知道了图表制作的规范，在导出图片时就可以预先处理，如果不了解就比较麻烦。比如，如果没有了解期刊对图片清晰度的一般要求，可能导...
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seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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最新11+干湿结合生信，14种细胞死亡方式+关键基因验证！多死亡模式生信悄然兴起！影响因子：11.1 研究概述：食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种致命的恶性肿瘤。免疫检查点抑制剂（ICIs）为ESCC患者带来了巨大的临床益处。作者旨在通过整合多种程序性细胞死...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 开发的用于预测scRNA-seq数据中细胞干性和...
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单细胞36计之17抛砖引玉---使用Seurat对空间转录组数据集进行分析，可视化和集成第十七计 抛砖引玉以自己的粗浅的意见引出别人高明的见解。 概述 本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空间分辨的RNA-seq数据。尽管分析流程类似于单细胞R...
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生信实用工具：快速的多线程分割bam文件工具
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...