影响因子：11.1 研究概述：食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种致命的恶性肿瘤。免疫检查点抑制剂（ICIs）为ESCC患者带来了巨大的临床益处。作者旨在通过整合多种程序性细胞死...
IP属地：北京
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最新11+干湿结合生信，14种细胞死亡方式+关键基因验证！多死亡模式生信悄然兴起！ -
10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 开发的用于预测scRNA-seq数据中细胞干性和...
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单细胞36计之17抛砖引玉---使用Seurat对空间转录组数据集进行分析，可视化和集成第十七计 抛砖引玉以自己的粗浅的意见引出别人高明的见解。 概述 本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空间分辨的RNA-seq数据。尽管分析流程类似于单细胞R...
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生信实用工具：快速的多线程分割bam文件工具
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...
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KEGG通路数据库下载(人种)
方法一在MSigDB下载，网址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读...
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关于微阵列芯片和RNA-seq的比较转录组代表存在于细胞中RNA的全部类型，包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各种非编码RNA等。转录组是了解细胞过程的主要手段，微阵列（Microarray）和RNA-s...
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单细胞之富集分析-3：GO和KEGG富集分析及绘图单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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栅格图像
简介：栅格图像（有时称为位图图像）由称为像素的图片元素的矩形网格组成。每个像素都分配有特定的位置和颜色值。在处理栅格图像时，您所编辑的是像素，而不是对象或形状。
常见用例：栅格图像是连续色调图像（如照片或数字绘画）最常用的电子媒介，因为它们可以有效地表现阴影和颜色的细微层次。
常用软件和文件类型：大多数专业人士使用 Photoshop 处理栅格图像。常见的从 Photoshop 中导出的栅格文件类型有：JPEG、GIF、PNG 和 TIFF。
分辨率和文件大小：栅格图像与分辨率相关，即，包含固定数量的像素。调整图像大小时，栅格图像会丢失或增加像素，从而降低图像品质。栅格图像通常具有较大的文件大小，因为其中存储了像素信息，并且在某些 Creative Cloud 应用程序中使用时，通常需要压缩以保持较小的文件大小。
ref: https://helpx.adobe.com/cn/photoshop/using/image-essentials.html -
跟着Nature学作图：R语言ggplot2散点栅格化能够减小输出pdf的文件大小论文 A saturated map of common genetic variants associated with human height https://www....
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10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy新的一年，新的开始，既然选择了前方，只顾风雨兼程。 这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy，当然了，我们主要关注10X空间转录组的分析内容...
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10X单细胞（10X空间转录组）之配受体联合TF因子的通讯分析(cellcall)hello，大家好，今天我们来分享一个更加重要的通讯方法，cellcall，规则很简单，就是我们在对单细胞进行通讯分析的时候，通讯到底有没有起到作用？？？之前的我分享的文章1...
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Cell-Cell Interaction Database|| 单细胞配受体库你还在文章的附录里找吗？Cell-Cell Interaction Database ： https://baderlab.org/CellCellInteractions#ref6 Cell-Ce...
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STRINGDB包的简单使用String是一个很好的蛋白互作网络数据库，其不仅包含了直接物理作用的互作关系，还包含了蛋白之间以间接作用的互作关系。除了有实验证据支持的数据外，还有整合其他数据库中的互作数...
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STRINGdb | 交互式可视化蛋白网络互作
在STRING数据库中提交基因，获取PPI网络是比较常规的操作，包括下游使用cytoscape进行美化和hub网络的提取，但过程还是比较麻烦，本期介绍通过R语言来挖掘STRI...
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【单细胞转录组】人类T细胞亚群分析Marker基因汇总T 细胞（全部）：CD3+ Naive T cell: CD3, CD4, CCR7, CD62L+, IL-7R (CD127), THPOK Tef（效应T细胞）： 辅助...
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【单细胞转录组】人类B细胞亚群分析Marker基因汇总由于基因表达跟细胞表面蛋白的表达具有时间差，所以要根据经验具体情况具体分析，内容仅供参考 哺乳类动物B细胞的分化过程主要可分为前B细胞、不成熟B细胞、 成熟B细胞、活化B...
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一文带你深入了解中性粒细胞的起源、发育及功能
中性粒细胞的起源、发育 中性粒细胞是固有免疫系统的主要成员之一。 中性粒细胞（neutrophil），来源于骨髓干细胞，是多形核粒细胞（PMN）。 白细胞[粒细胞（中性粒细胞...