影响因子：11.1 研究概述：食管鳞状细胞癌（ESCC）是一种致命的恶性肿瘤。免疫检查点抑制剂（ICIs）为ESCC患者带来了巨大的临床益处。作者旨在通过整合多种程序性细胞死...
IP属地：北京
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最新11+干湿结合生信，14种细胞死亡方式+关键基因验证！多死亡模式生信悄然兴起！ -
10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析文章接受，终于有空再发点笔记了😃 SCENIC_Tutorial[#scenic_tutorial]Setup[#setup]Load Packages[#load-pack...
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CytoTRACE2-basicCytoTRACE2 CytoTRACE2是 Newman Lab[https://anlab.stanford.edu/] 开发的用于预测scRNA-seq数据中细胞干性和...
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单细胞36计之17抛砖引玉---使用Seurat对空间转录组数据集进行分析，可视化和集成第十七计 抛砖引玉以自己的粗浅的意见引出别人高明的见解。 概述 本教程演示了如何使用Seurat（> = 3.2）分析空间分辨的RNA-seq数据。尽管分析流程类似于单细胞R...
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生信实用工具：快速的多线程分割bam文件工具
前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...
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KEGG通路数据库下载(人种)
方法一在MSigDB下载，网址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读...
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关于微阵列芯片和RNA-seq的比较转录组代表存在于细胞中RNA的全部类型，包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各种非编码RNA等。转录组是了解细胞过程的主要手段，微阵列（Microarray）和RNA-s...
