作者：尧小飞审稿：童蒙编辑：amethyst 引言 随着10xGenomics单细胞转录组技术的普及，现在的单细胞转录组分析越来越普及，得到的单细胞数据越来越多。然而单细胞转...
IP属地：北京
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详细介绍新版SingleR进行单细胞自动化鉴定
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方法分享---利用TACIT解卷积空间多组学中细胞类型和状态作者，Evil Genius 现在的日子，关税在涨，物价在涨，钱是越来越难挣了。 什么东西在跌呢？工资在跌，房价也跌，房租反而涨了，生活的压力感觉越来越大了。 对于生信分析而...
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使用rpy2包importr，报错RRuntimeError
原因是Anaconda3环境下，在执行conda install rpy2的时候，会自动安装一个R在X/Anaconda3/Lib/R/，调用rpy2，会默认将R的库指向X/...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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单细胞测序分析之scater包学习笔记这次学习的是单细胞测序的第三个比较常用的包：Scater。本文主要参考教程：单细胞转录组学习笔记-15-利用scRNAseq包学习scater来走分析流程。 scater包的...
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SingleCellExperimentBioconductor软件包SingleCellExperiment提供了SingleCellExperiment类以供使用。当使用依赖于SingleCellExperim...
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单细胞不同样本数据整合-解决AnnData合并时ValueError: cannot reindex from a duplicate axis问题
项目场景： 使用scanpy包进行单细胞数据分析时，往往需要整合多个样本的数据，也就是将多个AnnData对象合并为一个AnnData对象。 例如将adata_1和adata...
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空间转录组2022||空间数据反卷积RCTD分析：细胞类型鉴定参考教程链接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
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内容复习---借助Seurat的力量分析细胞niche（Xenium、CosMx、CODEX）作者，Evil Genius 放假了，好好休息的同时也不要忘了抽出点时间回顾一下工作或者学习内容。 今天我们的目标 其实主要就是BuildNicheAssay函数。 准备好数...
