作者：Raymon T编辑：angelica 外显子组分析有助检测出和疾病相关的编码区突变，从而研究DNA变异对正常生物学机制与疾病发病机制的影响。继上篇关于外显子在实验方面...
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重磅干货：外显子的那些疑问
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R-可视化之颜色与色板选择在用R绘图时，颜色设置是美化过程中不可缺少的一步，这次简单的学习与总结一下。 一、在R中颜色的表示 （1） 颜色的名字 built-in color names R内置了65...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这篇文章又被锁定了 1.文件处理...
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利用基因组信息改善牲畜 -综述（2019）阅读Michel Georges综述的笔记。这边综述从家畜物种（即牛、绵羊、山羊、猪、家禽和鲑鱼）的可用基因组资源的状况，以及如何使用这些资源来加速缺陷致病基因的发现和管理，...
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2-群体遗传的基础介绍1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）单倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 两者的区别关键：...
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RNA-seq： 用perl进行基因ID转换RNAseq上游分析得到的矩阵通常是如下的基因id，这对于我们找差异基因不够直观，所以做差异分析之前一般会进行一个基因id转换。 输入文件 即转换为这种格式，方法如下。 输出...
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GeneiASE —— ASE检验
在ASEReadCounter完成位点的覆盖度信息计数统计之后，还需要对位点添加基因ID，随后做二项分布和费舍尔精确检验，这里推荐GENEiase软件。 ASE （等位基因特...
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RNA-seq 检测变异之 GATK 最佳实践流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比对 对 RNA-seq 产出的数据进行变异检测分析，与常规重测序的主要区别就在序列比...
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ASE （等位基因特异性表达）—— ASEReadCounter在遗传时，父本和母本等位基因的调控和表达不均，这被称为等位基因特异性表达（ASE，allele-specific expression analysis）。表现为基因转录出的...
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等位基因特异性表达解读
总结两篇学位论文 奶牛全血转录组等位基因特异性表达分析/通过等位基因特异性表达研究鸡转录组调控模式 什么是ASE：等位基因特异性表达（ＡＳＥ）是一种新发现的遗传现象，是指在相...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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修改vcf文件中的样本名称
很多时候，call完变异后，需要对vcf文件中的样本名进行修改，小编这里分享一个修改ID的python脚本(若vcf比较大，建议只对表头进行修改，然后cat在一起)： 注：c...
