工具链安装 LACHESIS依赖boost库,且经过测试1.52~1.67版本的boost库可以顺利编译LACHESIS,版本过高会导致报错,而低版本的boost库在高版本的...
创建环境 编辑tremolo.yml文件,内容如下: 创建conda环境 启动环境 安装RaGOO 安装TrEMOLO 修改环境 安装samtools 修改TrEMOLO 测...
在如何用WGDI进行共线性分析(上)[https://www.jianshu.com/p/a50548e81ac0], 我们基于blastp的结果绘制了点图,之后用 -icl...
0.部分参考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
1. 群体演化历史分析的案例: 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流,迁徙,分化等,会对等位基因频率产生显著影响,塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
偶然间发现了下面这个图的代码和数据 这个图的代码和数据的链接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分: 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
前言:在对miRNA进行靶标预测分析时,需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主,这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
目的:从测序数据(clean reads) 到样本的GVCF文件。利用bwa,samtools,和GATK 获得每个样本的GVCF文件。
mcmctree需要3个输入文件 多序列比对的phy格式文件(注意:这个phy和一般软件的phy不太一样)使用脚本把多序列比对的fa格式转为phy格式 准备包含2个物种之间的...
本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信,公众号:我与生信文献分享22:泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
当我们进行群体分析时,获得vcf文件后,可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析,现简单介绍 1、软件安装 2、简单操作 本次使用train.vcf.gz 作为例子 第一步:...
老甘蔗组了😏Soffic.genome-hic20191009暴露了你的位置哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈
Linux下提全部基因的启动子