用于记录学习过程中的重要内容，以及一些遇见的问题和解决办法。
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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使用jcvi基于wgdi的共线性结果(-icl)绘制点图
在如何用WGDI进行共线性分析(上)[https://www.jianshu.com/p/a50548e81ac0], 我们基于blastp的结果绘制了点图，之后用 -icl...
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显著影响，塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
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神奇的R包~spiralize~将常规的矩形图画成螺旋形偶然间发现了下面这个图的代码和数据 这个图的代码和数据的链接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
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GATK检测变异流程（GATK 4.1.3.0）
目的：从测序数据(clean reads) 到样本的GVCF文件。利用bwa，samtools，和GATK 获得每个样本的GVCF文件。
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mcmctree估计物种的分化时间mcmctree需要3个输入文件 多序列比对的phy格式文件（注意：这个phy和一般软件的phy不太一样）使用脚本把多序列比对的fa格式转为phy格式 准备包含2个物种之间的...
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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plink 进行PCA分析当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简单操作 本次使用train.vcf.gz 作为例子 第一步：...
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WGDI - 推断祖先核型0.仅作个人笔记使用意思就是只考虑我能不能看懂具体每个参数的含义参照官方文档, 这里全部用默认参数https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
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在注释库构建的第一步里，grep "^name:" go-basic.obo |awk '{print $2}' > GO.name ，最好不要直接print $2，这样会导致只有一个单词进入GO.class中，可以直接sed掉name:
比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）
比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
