工具链安装 LACHESIS依赖boost库，且经过测试1.52～1.67版本的boost库可以顺利编译LACHESIS，版本过高会导致报错，而低版本的boost库在高版本的...
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Ubuntu 22.04编译安装LACHESIS
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基于Conda的无Root无Singularity安装TrEMOLO
创建环境 编辑tremolo.yml文件，内容如下： 创建conda环境 启动环境 安装RaGOO 安装TrEMOLO 修改环境 安装samtools 修改TrEMOLO 测...
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使用jcvi基于wgdi的共线性结果(-icl)绘制点图
在如何用WGDI进行共线性分析(上)[https://www.jianshu.com/p/a50548e81ac0], 我们基于blastp的结果绘制了点图，之后用 -icl...
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使用Agora/ANGEs构建祖先核型0.忘了是在那篇文献看到的，用了Agora，再把Agora的输出结果喂给ANGEsAgora和ANGEs都是构建祖先核型的软件个人实测是Agora构建的结果太碎了, ANGE...
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fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显著影响，塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
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神奇的R包~spiralize~将常规的矩形图画成螺旋形偶然间发现了下面这个图的代码和数据 这个图的代码和数据的链接 https://github.com/nrennie/tidytuesday/blob/main/2021/07...
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基因家族扩张收缩分析- OrthoFinder聚类基因家族1. Summary 基因家族扩张收缩分析可细分为六部分： 获取每个基因对应的最长编码区转录本 OrthoFinder聚类基因家族 系统发育树推断 物种分歧时间推断 基因家族...
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利用TransDecoder提取转录本CDS、UTR序列
前言：在对miRNA进行靶标预测分析时，需要特定物种的转录本作为靶向的数据库。通常对miRNA预测以3'UTR区域为主，这就需要对转录本数据库进行UTR区域的提取。我在之前写...
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GATK检测变异流程（GATK 4.1.3.0）
目的：从测序数据(clean reads) 到样本的GVCF文件。利用bwa，samtools，和GATK 获得每个样本的GVCF文件。
