参考：https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a[https://www.jianshu.com/p/0a14d971bd0a] requi...
IP属地：北京
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基因组基因复制的分类鉴定：DupGen-finder
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TEsorter：TE的分类和可视化来源于：https://github.com/zhangrengang/TEsorter[https://github.com/zhangrengang/TEsorter]T...
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生信分析26：对LTR-RTs构建进化树本次推送是文献分享26的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享26：优质牧草羊草的基因组演化与育种[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mz...
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取两个VCF的差集
参考：https://www.biostars.org/p/113509/#113509[https://www.biostars.org/p/113509/#113509]...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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张红祥，中国科学院植物研究所。<br>交流，分享。
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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LTR插入时间估算
本文方法是根据"Ageing LTR insertions"(https://github.com/SIWLab/Lab_Info/wiki/Ageing-LTR-inser...
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【基因组学】好用的基因组学工具jcvi的安装及无root权限安装latex
写在前面 jcvi是福建农林大学的唐海宝老师开发的一款针对基因组处理的高效工具，学好这一个工具可以解决80%以上遇到的基因组学上的问题。 安装jcvi 1.Conda一键安装...
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生信工具2: LiftOver人类参考基因组（如 GRCh37 和 GRCh38）由国际基因组学研究社区定期更新，以改进基因组的完整性和准确性。每次更新可能会导致以下变化：ꔷ 基因组序列的调整：添加或修订...
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【比较基因组】从进化树到分化时间虽然不是学生物或者医学的，但是听了很多生命科学的报告。关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——是生命科学数百年来一直在研究的问...
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Orthofinder运行结果文件解读OrthoFinder结果文件 运行标准OrthoFinder会产生一系列文件：直系同源组、直系同源、基因树、物种树、基因复制事件、比较基因组学数据。结果文件在所分析物种的....
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常见组蛋白修饰
1、H3K27ac 组蛋白H3上的第27位赖氨酸残基发生乙酰化，与较高的转录激活有关，因此被定义为活性增强子信号，H3K27ac在TSS（转录起始位点）的近...
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如何利用泛基因组来深度发掘一个物种？
作者：童蒙编辑：amethyst 大豆是一种非常重要的油料和蛋白质来源。为了研究其基因组多样性，需要构建高质量的泛基因组。作者denovo组装了26个代表性的大豆，同时对28...
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2022-09-13 calling peaks问题
1. 利用macs2 callpeak进行 calling peaks，其中有个参数--keep-dup，这是如果输入为过滤掉重复reads的bam文件，这--keep-du...
