文献18中，作者用了很大篇幅去鉴定各个亚群的受选择区域，然后与其性状关联。本次推送将介绍如何进行选择清除分析。 相关概念 选择即有条件的筛选，在群体研究中可以分成自然选择和人...
IP属地：北京
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生信分析18：如何鉴定选择清除区域 -
ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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关于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
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比较基因组学分析3：特异节点基因家族富集分析（非模式物种GO/KEEG富集分析）比较基因组学分析目录 1：单拷贝基因构建物种树以及计算分化时间[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收缩与扩张分析[ht...
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ChIPseeker的upsetplot是怎么写的在距今2年前的一个日子里，我写了一篇关于upsetR的简单教程。两年过去了，这篇教程是百度搜索的第一位。 在这篇教程中，我定了一个计划 下一期写一篇Y叔的upsetplot是...
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Dfoil - 推断祖先基因流-2. 在一篇讲泥炭藓的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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Sweepfinder2 检测正选择信号
SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
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植物免疫|NLR蛋白成簇的利与弊动植物为了应对周遭的病原物入侵，在其细胞内部内置了关键的免疫识别蛋白，也就是本篇文章的主角：NLR蛋白。在研究中，人们往往发现NLR蛋白基本是成束或者成簇出现在基因组中。举个...
