菜鸡
IP属地：北京
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TE的鉴定转座子鉴定方法 转座子的鉴定方法基本归于两大类：从头预测、基于同源比对。 从头预测算法 de novo 包括：基于基因组序列比对的方法、K-mer 方法、基于结构特征的方法基...
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神器 | 计算Non-coding序列选择压！KaKs_Calculator 3.0 重磅发布~写在前面 早前我在 TBtools 中基于NG86逻辑实现 Ka/Ks 计算时走了不少弯路，其中种种，或许只有 Coding 的人才知道。当然，其中还另外牵扯到如何快速进行序...
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生信分析23：基因对之间的正选择分析在这篇文章中，作者提到候选基因受到正选择。看附表19给的数据，该说法的依据是作者对普通荞麦和苦荞的直系同源基因对做了Ka/Ks分析，其值大于1。 今天的推送，将介绍如何对两个...
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GeneOverlap: 用于基因Overlap的检验及可视化R包参考学习资料：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GeneOverlap/inst/do...
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ATAC-seq 及其升级版Omni-ATAC最近在学习ATAC-seq，整理了笔记分享一下，欢迎批评指正 a、为啥要ATAC-seq? ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessibl...
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联合使用deeptools和自编R脚本分析链特异性数据不积跬步无以至千里 deeptools作为分析深度测序数据的一大利器，受到了广泛的欢迎和关注，这一点从Github的星标数以及conda的安装次数就可以知道，很多人都对它非常...
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ggplot2回顾(7): geom_bar()和 geom_histogram()比较适用范围不同 bar图x一般为离散变量，直方图x一般为连续变量 默认的统计变换不同 前者是stat = "count"，统计一个数量就完事了，即生成新变量..count..d...
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生信分析16：基于PSMC估计有效群体大小本次推送是文献分享16的对应内容。 Fig 1 有效群体大小的估计或者种群历史动态的估计经常出现在基因组/重测序相关文章中，可视化形式一般是Fig 1。 Fig 1的解读：由...
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hicPro+EndHiC(二)染色体挂载
EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎么使用呢？不得不说一下，git...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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生信分析8：染色质的二价性前一篇推送介绍了马铃薯在冷胁迫后的染色质可及性和组蛋白修饰的转变。在组蛋白修饰中重点关注了H3K4me3和H3K27me3两种，其中K4通常认为是激活型组蛋白修饰，K27通常...
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【Hi-C】交互频率与距离衰减曲线绘制参考： 发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
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