本次推送是文献分享16的对应内容。 Fig 1 有效群体大小的估计或者种群历史动态的估计经常出现在基因组/重测序相关文章中，可视化形式一般是Fig 1。 Fig 1的解读：由...
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生信分析16：基于PSMC估计有效群体大小 -
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hicPro+EndHiC(二)染色体挂载
EndHic 想比较HiC-Pro，EndHic的安装就简单很多，就是下载即可用 EndHiC的安装 要用到的脚本都在文件夹下，直接调用就行 怎么使用呢？不得不说一下，git...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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生信分析8：染色质的二价性前一篇推送介绍了马铃薯在冷胁迫后的染色质可及性和组蛋白修饰的转变。在组蛋白修饰中重点关注了H3K4me3和H3K27me3两种，其中K4通常认为是激活型组蛋白修饰，K27通常...
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【Hi-C】交互频率与距离衰减曲线绘制参考： 发现AB区室 09 science Comprehensive mapping of long range interactions reveals folding ...
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生信分析22：完整的转座子注释流程本次推送是文献分享22的对应内容。我与生信，公众号：我与生信文献分享22：泛基因组解析柑橘亚科进化以及柑橘果实中柠檬酸积累的关键基因[http://mp.weixin.qq....
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任何人！十分钟掌握Circos图绘制
写在写在前面的前面 我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的...
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生信小工具：bedtools的使用(2)
bedtools "merge" 许多基因组特征的数据集具有许多彼此重叠的个体特征（例如来自ChiP seq实验的对象）。将多个有重叠的序列组合成单个连续的序列通常对下游很有...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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WSL2出现“参考的对象类型不支持尝试的操作”的解决方法
前言 最近用wsl2老是提示“参考的对象类型不支持尝试的操作”，搜索了下收集了两种解决方案。 解决 1、临时方法 管理员身份执行 2、永久方法 下载此工具 管理员运行
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recos软件绘制不同类型TE在染色体的分布热图1、前期准备 第一步, 获取repeat注释结果，使用RepeatMasker对基因组进行repeat分析，可以得到以out结尾的文件，命令行如下： 第二步，获取关心TE类型...
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R语言 -- 【optparse 包】如何给R脚本设置命令行参数
optparse使得我们很方便地给R脚本设置命令行参数，从而使得R脚本的复用和流程化使用。 1 安装 2 使用 创建参数列表:make_option 将参数列表传递给一个变量...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...
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龙穴往事：血龙狂舞----人性黑暗，惨烈无比，巨龙殆尽《权力的游戏》第七季最后一集中的龙穴会议，让我们看到了破败不堪的龙穴，据说这以前是坦格里安家族龙的栖息地，每当夜晚来临，巨龙就会飞回此处歇息。为防止巨龙伤人，会大门紧闭，由御...
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修改hicPlotMatrix完成定制HiC互作热图使用conda安装hicexplorer时经常会报错，下面介绍mamba安装方法；同时，hicPlotMatrix绘制的热图没有添加染色体边界，并且图例太大，下面介绍了源代码...
