IP属地：江西
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基因组共线性分析绘图
主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件（fasta）用于比对使用mummer4.0进行比对操...
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PacBio 甲基化分析
PB甲基化流程（Revio和Sequel II）众所周知，PacBio的下机数据是可以用于提取甲基化信息的，显示在BAM里就是ML和MM的tag...
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ONT r10芯片甲基化分析攻略还发在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com...
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基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/goto...
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超快超省存储的三维基因组分析方法三维互作这块的两大巨头是juicer 和 hic-pro，这两个东西确实都很久了，一个基于BWA一个基于Bowtie。说实话个人很讨厌这种把比对...
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Nanopore甲基化提取2024
ONT甲基化下机数据是fast5格式，比较大，先转成pod5，提取和储存更方便 先装一个pod5，用pip 然后直接转就行 转完了用dorado...
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maffilter，被时代埋没的比较基因组学工具
maffilter，看名字是一个过滤maf的工具，实际上，他比过滤MAF拥有更多的功能，甚至能构建系统发育树。 文章在2014年发表于BMC g...
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比较基因组学Cactus初探
11.21更新，本文内容包括Cactus进行无参基因组比对的详细教程。 你说的对，但是Cactus是一款开源的，发表过正刊的，高度权威的基因组比...
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freebayes快速群体call snp流程优化
过滤和比对没什么好说的，fastp + bwa足够 重点是call snp这块，GATK作为精度最高的东西，运行速度也是最慢的，卡的要死。有人提...