使用原有的BWA+GATK进行SNP calling存在严重的时长慢问题;无论是比对,还是gvcf calling,还是joint calling 都是严重的限速步骤。 可以...
使用原有的BWA+GATK进行SNP calling存在严重的时长慢问题;无论是比对,还是gvcf calling,还是joint calling 都是严重的限速步骤。 可以...
Preprocessor
@深山夕照深秋雨OvO VIVO50
基因组注释 从头预测到合并流程本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
主要利用mummer和NgenomeSyn进行,可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件(fasta)用于比对使用mummer4.0进行比对操作,mummer的配置参见ht...
@荣_e687 EVM有个脚本叫miniprot_GFF_2_EVM_alignment_GFF3.py可以做这个
EVM基因组注释合并,你真的做对了吗?基因组注释这个东西攻略是五花八门,有些地方其实写错了,作者还以为很对,为什么呢,因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑,只是你不知道罢了。 今天带大...
PB甲基化流程(Revio和Sequel II)众所周知,PacBio的下机数据是可以用于提取甲基化信息的,显示在BAM里就是ML和MM的tag(熟悉BAM格式的应该比较清楚...
攻略还发在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com/gotouerina/Gen...
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
三维互作这块的两大巨头是juicer 和 hic-pro,这两个东西确实都很久了,一个基于BWA一个基于Bowtie。说实话个人很讨厌这种把比对软件捆绑在一起的pipelin...
ONT甲基化下机数据是fast5格式,比较大,先转成pod5,提取和储存更方便 先装一个pod5,用pip 然后直接转就行 转完了用dorado做basecalling do...
maffilter,看名字是一个过滤maf的工具,实际上,他比过滤MAF拥有更多的功能,甚至能构建系统发育树。 文章在2014年发表于BMC genomics (https:...
11.21更新,本文内容包括Cactus进行无参基因组比对的详细教程。 你说的对,但是Cactus是一款开源的,发表过正刊的,高度权威的基因组比对软件.jpg Cactus是...
过滤和比对没什么好说的,fastp + bwa足够 重点是call snp这块,GATK作为精度最高的东西,运行速度也是最慢的,卡的要死。有人提出可以使用freebayes进...
基因组注释这个东西攻略是五花八门,有些地方其实写错了,作者还以为很对,为什么呢,因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑,只是你不知道罢了。 今天带大...
Pore-C是一种新兴测序技术,ONT测三维,据说分辨率比HIC高很多,是真的假的我也不知道 01.Align (比对、消化和注释)/path/to/nextflow run...
雪豹闭嘴
有参二代重测序数据组装高质量基因组之前有一批样本坏掉了,DNA跑胶跑出来就不到10Kb,本着样本难得的心态,送去搞了点二代DNA重测序,想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组;又嫌弃illumina太贵,用...
之前有一批样本坏掉了,DNA跑胶跑出来就不到10Kb,本着样本难得的心态,送去搞了点二代DNA重测序,想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组;又嫌弃illumina太贵,用...