使用原有的BWA+GATK进行SNP calling存在严重的时长慢问题；无论是比对，还是gvcf calling，还是joint calling 都是严重的限速步骤。 可以...
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GPU加速二代测序比对（Deepvariant + GLnexus）
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@深山夕照深秋雨OvO VIVO50
基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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基因组共线性分析绘图
主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组 首先准备基因组文件（fasta）用于比对使用mummer4.0进行比对操作，mummer的配置参见ht...
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@荣_e687 EVM有个脚本叫miniprot_GFF_2_EVM_alignment_GFF3.py可以做这个
EVM基因组注释合并，你真的做对了吗？
基因组注释这个东西攻略是五花八门，有些地方其实写错了，作者还以为很对，为什么呢，因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑，只是你不知道罢了。 今天带大...
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PacBio 甲基化分析
PB甲基化流程（Revio和Sequel II）众所周知，PacBio的下机数据是可以用于提取甲基化信息的，显示在BAM里就是ML和MM的tag（熟悉BAM格式的应该比较清楚...
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ONT r10芯片甲基化分析攻略还发在https://github.com/gotouerina/GenomeMethPipeline[https://github.com/gotouerina/Gen...
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基因组注释 从头预测到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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超快超省存储的三维基因组分析方法三维互作这块的两大巨头是juicer 和 hic-pro，这两个东西确实都很久了，一个基于BWA一个基于Bowtie。说实话个人很讨厌这种把比对软件捆绑在一起的pipelin...
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Nanopore甲基化提取2024
ONT甲基化下机数据是fast5格式，比较大，先转成pod5，提取和储存更方便 先装一个pod5，用pip 然后直接转就行 转完了用dorado做basecalling do...
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maffilter，被时代埋没的比较基因组学工具
maffilter，看名字是一个过滤maf的工具，实际上，他比过滤MAF拥有更多的功能，甚至能构建系统发育树。 文章在2014年发表于BMC genomics (https:...
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比较基因组学Cactus初探
11.21更新，本文内容包括Cactus进行无参基因组比对的详细教程。 你说的对，但是Cactus是一款开源的，发表过正刊的，高度权威的基因组比对软件.jpg Cactus是...
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freebayes快速群体call snp流程优化
过滤和比对没什么好说的，fastp + bwa足够 重点是call snp这块，GATK作为精度最高的东西，运行速度也是最慢的，卡的要死。有人提出可以使用freebayes进...
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EVM基因组注释合并，你真的做对了吗？
基因组注释这个东西攻略是五花八门，有些地方其实写错了，作者还以为很对，为什么呢，因为EVIDENCEModerler经常在错误的输入文件下也能跑，只是你不知道罢了。 今天带大...
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Pore-C测序数据基因组挂载与分析
Pore-C是一种新兴测序技术，ONT测三维，据说分辨率比HIC高很多，是真的假的我也不知道 01.Align （比对、消化和注释）/path/to/nextflow run...
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雪豹闭嘴
有参二代重测序数据组装高质量基因组
之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...
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有参二代重测序数据组装高质量基因组之前有一批样本坏掉了，DNA跑胶跑出来就不到10Kb，本着样本难得的心态，送去搞了点二代DNA重测序，想着能不能靠着二代数据组装个好点的基因组；又嫌弃illumina太贵，用...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
