@小熊_wh 你好请问是需要什么样的文件导入呢，类似于一列是TF一列是基因的表格
pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
发简信
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@小熊_wh 成功的，没有报错
pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）
参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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您好，请教一下，遇到了这样的报错Error in calcRSS(AUC = getAUC(sub_regulonAUC), cellAnnotation = cellTypes[colnames(sub_regulonAUC), :
could not find function "calcRSS"pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）
参考生信技能树：pyscenic的转录因子分析结果展示之5种可视化[https://mp.weixin.qq.com/s/SIfyGzx4fwXPtQsVvvwwMQ]、py...
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@Bio_Infor 谢谢！
单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?
前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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您的分享对我很有帮助，想请问这篇文章的复现有全部流程吗，方便分享吗
单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?
前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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R Package Scissor 学习笔记简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量（bulk）表型从单细胞测序(scRNA-se...
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单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因今天是不用学代码利用生信软件联合“点点点”就可以取得hub基因的“白痴”实操，赶快点起来～ Hub基因（关键基因）是在生物学过程中发挥重要作用的基因，它往往在通路中为主导地位...
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@myshu 好的谢谢
seurat对象中gene symbol的替换（自定义R包）
我们在处理seurat对象的时候经常会发现R对象会自动把我们的gene symbol给替换掉，比如所有的下划线被替换成了短横线。会出现如下warning 这样的结果就是画出来...
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您好，为什么我找不到这个R包呢
seurat对象中gene symbol的替换（自定义R包）
我们在处理seurat对象的时候经常会发现R对象会自动把我们的gene symbol给替换掉，比如所有的下划线被替换成了短横线。会出现如下warning 这样的结果就是画出来...
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计算两个单细胞dataset的相关性日常掰瞎 对于bulk-RNA来说，计算两个样本的相关性可以选取共有基因的表达值直接来计算相关系数，从而得到两个样本的关系性。那么单细胞如何计算呢？首先，我们需要明白一点...
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答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型下午花了两个小时回答读者的疑问，觉得可以记录下来，也许能帮到一部分人。 第一位读者做的是非模式物种的单细胞。 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找，读者朋友...
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单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
