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  • immunedeconv踩坑记录

    immunedeconv包号称可以利用多种算法进行免疫细胞比例计算,包括quantiseq、timer、cibersort、cibersort_...

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    免疫细胞估算R包immunedeconv安装

    immunedeconv这个R包是一个免疫细胞比例估算集大成者,把常见的免疫细胞估算的算法都包括进去了,包括quantiseq、timer、ci...

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    29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞和13种免疫功能评分)基因列表

    TCGA风险模型类生信文章中,经常会对高低风险组进行16种免疫细胞和13种免疫功能评分的比较,就会用到一个29个免疫特征的基因集(16种免疫细胞...

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    批量检查和安装R包

    最近写了个内部用R包,里面有不少依赖包,一部分是CRAN的,一部分是Bioconductor上面的R包,于是把这些包分类后,按照生信技能树培训班...

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    花生壳https无法映射Rstudio-server的解决方案

    之前把服务器放在家里,通过花生壳软件进行内网穿透,采用http协议进行映射。后来由于一些原因,http协议不能使用了,只能使用https。这个时...

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    修改ssh中linux命令行配色

    ssh进行linux远程登录时,用户名、服务器名字都是一片白,也不显示时间,如下图: 生信技能树卖萌哥老师提供了两句代码: 直接在ssh(以xs...

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    结合TCGAbiolinks批量下载TCGA临床信息

    TCGAbiolinks包常用来TCGA的下载和各种常用分析,本人在使用TCGAbiolinks下载和整理TCGA临床信息时碰到一些麻烦,具体如...

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    TCGA泛癌TMB计算

    在前面系列教程中分享了如何下载TCGA表达矩阵(2022新版TCGA数据下载与整理[https://www.jianshu.com/p/9890...

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    ESTIMATE R包计算TCGA免疫评分

    文章参考生信技能树曾老师的帖子:使用ESTIMATE计算肿瘤的免疫得分[https://zhuanlan.zhihu.com/p/1367477...