简介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，这是一种新颖的单细胞数据分析方法。利用批量（bulk）表型从单细胞测序(scRNA-se...
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R Package Scissor 学习笔记 -
单细胞 | 单细胞数据格式转换：Converting from loom/h5ad to Seurat最近看到Fly Cell Atlas (FCA) 公布果蝇的多个组织的单细胞核转录组测序数据，虽然FCA组织提供了多个在线平台（例如SCope）进行非常方便的可视化和多种分析...
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Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因今天是不用学代码利用生信软件联合“点点点”就可以取得hub基因的“白痴”实操，赶快点起来～ Hub基因（关键基因）是在生物学过程中发挥重要作用的基因，它往往在通路中为主导地位...
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计算两个单细胞dataset的相关性日常掰瞎 对于bulk-RNA来说，计算两个样本的相关性可以选取共有基因的表达值直接来计算相关系数，从而得到两个样本的关系性。那么单细胞如何计算呢？首先，我们需要明白一点...
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答读者问(1)：非模式物种找marker；如何根据marker定义细胞类型下午花了两个小时回答读者的疑问，觉得可以记录下来，也许能帮到一部分人。 第一位读者做的是非模式物种的单细胞。 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找，读者朋友...
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单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释
前面已经讲解了：单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing[https://www.jianshu.com/p/02b70bda5d0a]单细胞分析实录(2): 使...
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单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开/偏移的情况，比...
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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利用R语言作PPI（免String网页和安装cytoscape法）原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw，本人稍作修改，原文是针对小鼠，现改为人类当得到差异基因后，很多时候...
