感谢哥们，如果不是你我真的无法运行这个软件
phylophlan3使用(更新)下载、安装 软件运行配置文件无需基因组fna或者faa文件基因组是fna，配置文件（下一步速度慢，不推荐） 基因组翻译后的faa（速度更快，推荐使用），配置文件。 参数 -o...
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phylophlan3使用(更新)
下载、安装 软件运行配置文件无需基因组fna或者faa文件基因组是fna，配置文件（下一步速度慢，不推荐） 基因组翻译后的faa（速度更快，推荐使用），配置文件。 参数 -o...
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根据barcode拆分测序数据
扩增子测序不同于其他高通量测序项目，扩增子测序往往样品量较大，但单个样品的数据量要求不高（因为仅仅研究扩增区域的序列）。为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并...
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diamond比对以及结果数据处理
利用diamond比对数据 注意：diamond在无root权限的linux运行比对命令时需要加参数-t /dev/shm创建临时文件 注意事项:默认参数主要是针对段短序列，...
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宏基因组分箱（二）Metabat2分箱实战
导读 上一篇：宏基因组分箱（一）Megahit组装和QUAST质量评价[https://www.jianshu.com/p/41f7d6134c0d]。分箱工具有很多，我为什...
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宏基因组分箱（四）Blobology可视化Bin导读 分箱就是将宏基因组测序数据组装得到的contigs根据四核苷酸频率和丰度模式进行打包分类的过程，一个包裹也就是一个Bin代表一种微生物。Metawrap的Blobolo...
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宏基因组 - (3)使用KofamKOALA对非冗余基因集进行KEGG注释0.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q 840842906索 简单介绍一下方向也可以，说不定以后能互相帮忙～ 1. 这个工具有在线网页版，当然KEGG注释还有其他很多工...
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Kraken使用手册
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器，是基于k-mer精确比对，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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宏基因组学/群体遗传学 方向
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宏基因组之基因丰度计算目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比对软件，另一种是不比对快速估计基因丰度，可以用近俩年来流行的...
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太牛了老哥，这本书我找好久了，你是国内第一个翻译的👍
第十章 微生物组数据的成分分析
10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析导论） ①什么是成分数据？ 根据韦伯斯特第二版新大学词典，作文是“将部分或元素...
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第十章 微生物组数据的成分分析10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析导论） ①什么是成分数据？ 根据韦伯斯特第二版新大学词典，作文是“将部分或元素...
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2020-08-17
Mantel test 分析两个距离矩阵之间的相关性 做微生物菌落少不了分析环境因子（pH，有机碳，总氮，盐度等）与菌落的相关性，此时便需要做CCA和Mantel test ...
