Mantel test 分析两个距离矩阵之间的相关性
做微生物菌落少不了分析环境因子（pH，有机碳，总氮，盐度等）与菌落的相关性，此时便需要做CCA和Mantel test 分析。有时CCA分析结果可能难以比较，这时候做一下Mantel test 进行分析可以直观的根据所求 r值和显著性水平P值来对环境因子和微生物菌落分布相关性有个大致了解，其具体应用可查看文献【1】【2】
使用R语言“vegan”包中的“vegdist”和“mantel”便可解决问题:
一般使用菌落OTU构成表格，行代表样本，列代表不同OTU，对于菌落组成一般使用 Bray-curtis 距离：
otu_bray<-vegdist(otu, method='bray')
所有环境因子组成一矩阵，样本顺序要和菌落组成表中样本顺序相同，对每一个环境因子一般使用euclidean 距离：
env_pH<-vegdist(env$pH, method='euclidean')
得到两个矩阵后便可继续做mantel test：
mantel(otu_bray, env_pH, permutations=999)#做999次重复用来计算P值
当所验证的环境因子之间有相关性时，使用mantel partial test检验，如若pH和TOC有显著地相关性，则可将TOC的矩阵作为控制：
mantel.partial(otu_bray, env_pH, env_TOC, permutations=999)
结果一般如下图所示：
Mantel statistic based on Pearson's product-moment correlation
Call:
mantel(xdis = otu_bray, ydis = env_ph, permutations = 999)
Mantel statistic r: 0.5099
Significance: 0.001
Upper quantiles of permutations (null model):
90% 95% 97.5% 99%
0.0836 0.1128 0.1330 0.1707
Permutation: free
Number of permutations: 999
【1】 Hollister EB, Engledow AS, Hammett AJ, Provin TL, Wilkinson HH, Gentry TJ. Shifts in microbial community structure along an ecological gradient of hypersaline soils and sediments. The ISME journal 2010;4:829-38.
【2】Yang J, Ma La, Jiang H, Wu G, Dong H. Salinity shapesmicrobial diversity and community structure in surface sediments of theQinghai-Tibetan Lakes. Scientific Reports 2016;6.
