1. Adonis
vegan包置换多因素方差分析（非参数多因素方差分析），可对OTU矩阵及所有环境因子矩阵进行差异性检验。
otu_env.adonis = adonis(otu ~ ., data=env)
结果解读：Df自由度 SumsOfSqs总方差（离差平方和） MeanSqs均方差，即 SumsOfSqs/Df
F.Model F检验值 R2 分组对差异的解释度 Pr(>F)P值
2. Mantal test
相关系数检验，常用person相关系数，r相关系数，r越大，两矩阵相关系数越强
使用前计算OTU对应的距离矩阵，
otu_bray<-vegdist(otu, method="bray")
env_PH<-vegdist(env$PH, method="euclidean")
env_temp<-vegdist(env$temp, method="euclidean")
mantel(otu_bray, env_PH, permutations=999)
Mantel statistic based on Pearson's product-moment correlation
Call:
mantel(xdis = otu_bray, ydis = env_PH, permutations = 999)
Mantel statistic r: 0.4202
Significance: 0.001
3. mantel.partial偏蒙特检验
mantel.partial(otu_bray, env_PH,env_NO2_NO3, permutations=999)
4. TurkeyHSD
成对的组于组之间差异性检验
TurkeyHSD(mod)
5.
