下载、安装 软件运行配置文件无需基因组fna或者faa文件基因组是fna,配置文件(下一步速度慢,不推荐) 基因组翻译后的faa(速度更快,推荐使用),配置文件。 参数 -o...
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扩增子测序不同于其他高通量测序项目,扩增子测序往往样品量较大,但单个样品的数据量要求不高(因为仅仅研究扩增区域的序列)。为了节约成本,研究者们通常会把多个样品混在一个文库,并...
利用diamond比对数据 注意:diamond在无root权限的linux运行比对命令时需要加参数-t /dev/shm创建临时文件 注意事项:默认参数主要是针对段短序列,...
导读 上一篇:宏基因组分箱(一)Megahit组装和QUAST质量评价[https://www.jianshu.com/p/41f7d6134c0d]。分箱工具有很多,我为什...
导读 分箱就是将宏基因组测序数据组装得到的contigs根据四核苷酸频率和丰度模式进行打包分类的过程,一个包裹也就是一个Bin代表一种微生物。Metawrap的Blobolo...
一打开简书,广告就跳出来,次次如此。 广告实在太多了,没完没了,总得重新关了再打开。心想要把简书卸载了。广告实在是太多了,太烦人了。
0.仅作笔记使用 我所用到的所有脚本可以+Q 840842906索 简单介绍一下方向也可以,说不定以后能互相帮忙~ 1. 这个工具有在线网页版,当然KEGG注释还有其他很多工...
Introduction Kraken 是可将分类标签分配给DNA序列的一种序列分类器,是基于k-mer精确比对,并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度,一种是基于比对,比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比对软件,另一种是不比对快速估计基因丰度,可以用近俩年来流行的...