你好，请问能不能分享一下dropest的包，现在好多依赖包装不上了，尝试了很多遍也没安装上，谢谢
单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵RNA速率有三个内容。第一是Linux中上游操作获得Spliced/unspliced矩阵，这一步没有难度，但是比较费时间，比较费内存，建议在服务器上完成。第二部分是结合第一...
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你好，请问能不能分享一下dropest的包，现在好多依赖包装不上了，感谢
dropEst 软件安装时的坑
遇到gcc版本不够的问题，先通过命令：module ava gcc 看看有没有多余的gcc版本，如果有，load就好了，相应的软件都可以load上来， module load...
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你好，请问能不能分享一下dropest的包，现在好多依赖包装不上了，谢谢
dropEst 软件安装时的坑
遇到gcc版本不够的问题，先通过命令：module ava gcc 看看有没有多余的gcc版本，如果有，load就好了，相应的软件都可以load上来， module load...
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老师你好，请问star可以做dropseq比对吗，
转录组测序选择性剪切分析与可视化
1. 创建小环境 rMATS是常用的选择性剪切（alternative splicing）分析软件。目前最新版是rMATS 4.1.2，已经可以通过conda安装，步骤如下：...
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你好，请问能出一期dropseq数据的嘛，谢谢
RNA velocity分析练习（一）文件下载以及预处理
目前有多种方法可以进行RNA velocity的分析： scVelo（参考文章：单细胞转录组数据分析|| scVelo 教程：RNA速率分析工具） velocyto （官网:...
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单细胞测序实战（第一部分）这次要练习的文章数据出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
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请问dropest怎么安装啊，我有搜过教程安不上
RNAvelocity系列教程4：velocyto.R的使用教程
RNA注释 这里以inDrop 实验数据举例，spliced/unspliced的RNA可以通过： 1.使用dropEst 输出管道生成 类似10X的 bam 文件： 2.使...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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@7a4ed5390a0a 你好，请问您的问题解决了吗，我想请教一下，可以将整个GSE的SRR数据一起进行cellranger比对吗，还是只能单个SRR数据比对后进行整合，谢谢
单细胞之轨迹分析-4：scVelo
轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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10X空间转录组速率分析（Velocyto）之SIRVhello，大家好，今天我们来分享Velocyto如何在空间上的运用，10X单细胞数据做RNA Velocyto大家应该都已经不陌生了吧，相信很多人都做过，大家也应该很了解R...
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@单细胞空间交响乐 你好，我使用loompy会报错TypeError: stat: path should be string, bytes, os.PathLike or integer, not AnnData
请问有没有解决办法10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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老师你好，我希望对一个GSE数据集做RNA速率，请问我需要先把数据集里的每个SRR进行cellranger比对获得loom文件，再进行loom文件合并进行scVelo计算，还是应该在cellranger的时候进行数据合并，谢谢老师
10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo
今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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10X单细胞（10X空间转录组）RNA速率分析之scVelo今天我们测试一下软件scVelo，这个软件应该很多人都用过了，但是玩的好的人，应该没几个。 加载 读取数据（loom, h5ad, csv）, 我的数据是根据velocyto...
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请问md5文件是从哪里获得的，谢谢
day56 单细胞cellranger的问题
一、在跑cellranger的过程中出了个问题。要琢磨一下怎么回事。 报错：sequence and quality length mismatch。 wc -l FH-H3...
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你好，请教一下，我通过Seurat 转换为anndata，想要合并已经生成的loom文件，会报错UnboundLocalError: local variable 'id_length' referenced before assignment
请问怎么解决RNAvelocity系列教程8：# scVelo实战-齿状回数据集
海马齿状回数据集 此处用于速率分析的数据集来自齿状回，这是海马的一部分，参与学习、偶发性记忆形成和空间识别。 数据在 Hochgerner et al. (2018)[htt...
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scVelo 的使用: 从bam和Seurat获取输入数据到画图
1.数据准备 用10x数据做scVelo，输入数据分2部分: Seurat 分析后的数据: 聚类、基因、细胞信息。 velocyto run 输出的loom文件，记录 spl...
