之前我们在讲转录组系列的时候，说过差异基因的功能富集，用的是GO和KEGG分析。但是这远远不够，很多研究者更喜欢使用GSEA，全名是Gene Set Enrichment A...
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不好好作图的NCS系列(五)：从这篇Cell学习GSEA的R语言分析及作图
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DESeq2 差异表达分析
Analyzing RNA-seq data with DESeq2 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vi...
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2020-10-24 RNAseq 从fq开始分析全流程分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...
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R语言进行GSEA分析先加载R包 第一步：差异分析 首先是用limma包做差异分析的过程 这里由于做的时候是FPKM数据，所以参考了生信技能树的教程： 第二步：获取基因集 MSigDB可以方便地获...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
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GSEA 从数据到美图0.输入文件和R包 文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。 gsea要求的输入数据格式是排序后的logFC值，数据类型为向量，向量名字是e...
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“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具”为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具” 01—研究背景 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分...
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ClusterProfiler基因集富集分析，支持基因集物种为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？ 图1 GSEA原理（图片来自plob.org） GSEA分析原理 利用所有基因的表达值，计算每个基因在两个表型（Clas...
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读取基因列表 ，基因列表在哪呀
GSEA富集分析+R分析+多类美化工具
相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
