KS科研分享与服务

之前我们在讲转录组系列的时候，说过差异基因的功能富集，用的是GO和KEGG分析。但是这远远不够，很多研究者更喜欢使用GSEA，全名是Gene Set Enrichment A...

程凉皮儿

分析流程 1.上传四个样本原始就文件到服务器 参考https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67[https://www.jianshu.com...

CrimsonUMO

先加载R包 第一步：差异分析 首先是用limma包做差异分析的过程 这里由于做的时候是FPKM数据，所以参考了生信技能树的教程： 第二步：获取基因集 MSigDB可以方便地获...

嘿嘿嘿嘿哈

本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...

小洁忘了怎么分身

0.输入文件和R包 文件有两个，一个是差异分析结果；一个是msigdb数据库下载的gmt文件。 gsea要求的输入数据格式是排序后的logFC值，数据类型为向量，向量名字是e...

生信学霸

为了解决四个难题我们设计开发了“GSEA简易分析工具”和” GSEA结果可视化工具” 01—研究背景 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分...

微生信

为什么pathway富集分析结果没有我感兴趣的通路？ 图1 GSEA原理（图片来自plob.org） GSEA分析原理 利用所有基因的表达值，计算每个基因在两个表型（Clas...