橘子皮C

您好！我最近也准备做ribo-seq分析，请问有没有系统一点的知识，找了很多都是碎片化的知识。

Ribo-seq实验总结

Ribosome profiling是一种新出现的实验技术，它结合了高通量测序技术的应用，可以在全基因组水平上监测蛋白质的翻译水平，给研究细胞内蛋白质的翻译调控机制带来了新的...

本木大

13669 2 14

橘子皮C ·

我正准备要做！

姣_6e67 评论自Ribo-seq实验总结

橘子皮C

您好！请问《Plant Bioinformatics：Methods and Protocols》这本书哪里可以借阅

第十七章 基因组注释

蛋白编码基因的注释 输入文件的准备 注释要注意基因组数据完整性和连续性，评估组装质量，这决定着注释结果的质量和准确性 需要以蛋白质序列、表达序列标签 (EST)、全长转录本序...

Athena404

3179 1 13

橘子皮C

在网上找了好久，看了下亚马逊，这本书要一千多，想问下哪里可以借阅

推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》t...

小明的数据分析笔记本

1673 2 23

橘子皮C

您好！请问这本书哪里可以借到？

推荐植物生物信息学参考书Plant Bioinformatics Methods and Protocols》third edition

找论文的时候偶然发现的这本参考书，个人感觉内容还挺丰富的，在这里推荐给大家 书名是 《Plant Bioinformatics Methods and Protocols》t...

小明的数据分析笔记本

1673 2 23

橘子皮C

不知道作者是否使用过suppa2软件，我首先使用Cupcake软件的脚本chain_samples.py将三代数据（CK,过表达OV和RNAi）去冗余后生成的gff和fa 合并 生成新的gff文件，再根据新的all.gff文件和参考基因组序列，生成转录本transcripts.fa文件。
用all.gff生成所有的剪切事件，再根据transcripts.fa和二代数据进行定量，使用suppa2就分别得到OV/CK、RNAi/CK差异的可变剪切事件。
这样的流程得到的结果是否合理？

全长转录组分析-小麦

前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...

郝永超M1racle

8500 18 18

橘子皮C

作者您好!非常感谢您无私的分享,本人刚接触三代全长转录本分析，目前我的数据为三代(CK,过表达OV和RNAi)和二代(CK,过表达OV和RNAi)。在此想向你咨询下可变剪切相关的问题。
我根据你的流程使用astalavista检测了CK,过表达OV和RNAi的可变剪切，分别有2165、4527、1430个剪切事件。后续该如何分析？或者检测到这么多的剪切事件是合理的吗？假如是的话，结果有何意义？

全长转录组分析-小麦

前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...

郝永超M1racle

8500 18 18

橘子皮C

看的另一个作者的简书，有一步就是使用lordec进行纠错
https://www.jianshu.com/p/c20e17b681cb

全长转录组分析-小麦

前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...

郝永超M1racle

8500 18 18

橘子皮C

真诚的感谢作者！在网上找了一大圈都是零碎的知识，还有很多测序公司的广告。作者大大的教程非常好，非常全面，对才接触三代转录组测序的非常友好。我这里测了二代和三代的转录组，可否使用lordec软件，用二代测序数据对三代测序数据进行纠错呢？

全长转录组分析-小麦

前言 近期分析了一部分小麦的全长转录组数据，参考了网上许多流程，收获良多，在此记录一下 全长转录组测序基于PacBio单分子实时测序技术（SMRT cell）,凭借超长读长的...

郝永超M1racle

8500 18 18