yyds，永远的神，下面这句话写得太关键了。
作者推荐使用在RNA assay上做差异表达分析，而不是 SCTransform。
切换到RNA assay，对原始的基因counts矩阵进行NormalizeData和ScaleData，获取归一化的seurat_obj[['RNA']]@data后，进行差异基因分析。
即使用data数据，进行差异表达分析。
seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使...
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空间的分析升级到高精度平台了。 群里有人分享自己发表的文章，说实话，我真心的羡慕，做科研这条路，文章是硬通货，把自己说的天花乱坠，什...
在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
作者，Evil Genius 什么是空间轨迹？ 以一个空间位置为起点（例如上图的交界区域），沿着固定方向上的细胞、基因表达的变化。 还有如下的分析结果，沿着相同方向、以相同的...
虽然我是生信人员，但是我研究生阶段做的内容跟蛋白结晶有关，蛋白的三维结构非常重要，只可惜当时的我能力有限，仅仅是用swissmodel模拟一下就算了，下面的图是我当年硕士毕业...
其实我平时很少分享代码，因为我觉得代码其实都是抄别人的，没什么意思，理解最重要，但是现实的情况是，大家需要代码作为参考 今天我们来分享的是，对细胞类型在空间距离上的分析，也就...
细胞通讯根据不同细胞群、不同空间区域基因表达的特征，分析两者之间特异的配受体对，以此来代表细胞类型或者空间区域之间的通讯。空间转录组配受体（Spatial Transcrip...
在我们生物学的世界里，细胞类型无论是交流还是位置都是在不断的变化之中，当形成一个成熟的组织之后，细胞类型的位置才会相对固定，但真正意义上也是一种动态平衡，当发生疾病之后，免疫...
10X空间转录组这项技术出现的时间也有了1年多之久，很多分析的思路也已经有了比较深的认识，但是对于细胞通讯而言，无论是发表的文章，还是个人分析，都还是需要很多的探索，今天我们...
我们做过单细胞的童鞋们来说，轨迹分析并不陌生，然而如果将单细胞的轨迹分析结果运用到空间转录组上，就可以帮助我们了解到细胞随着时间进行的过程中，细胞位置的迁移。其中最常用的方式...
RNA速率分析是一个非常重要的分析内容，我们这里来深入解析一下这个分析内容（python版本，个人喜欢python），参考网址在Velocyto[https://velocy...
_init_() 所有类的超类object，有一个默认包含pass的init()实现，这个函数会在对象初始化的时候调用，我们可以选择实现，也可以选择不实现，一般建议是实现的，...
（3）删除部分spot
这部分写得挺好的，获益匪浅，点赞。😄
空间转录组-多样本数据合并分析1. 读入单个样本 2. 合并数据 这里补充一点更新：合并空间数据后hvg怎么处理？从github上参考作者回复，有个函数来生成整体的hvg Yes, we do recom...
1. 读入单个样本 2. 合并数据 这里补充一点更新：合并空间数据后hvg怎么处理？从github上参考作者回复，有个函数来生成整体的hvg Yes, we do recom...
作者，Evil Genius 本来儿童节的推文不打算写了，但是有粉丝问了个问题，我也发现了一个很有意思的分析，所以写出来和大家交流一下吧。 有粉丝问，像生信培训班有必要花几千...
作者，Evil Genius 关于空间转录组的整合分析已经是非常常见了，昨天分享的是python版本，随着数据量不断地增大，R版本的计算效率明显下降，但是作为一种更加具有接受...
讲解的很透彻
Cellrank：细胞分化轨迹的新秀说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...
