作为生信分析，由于许多包的相互不兼容，这时可能需要很多下载很多不同版本的R。而远程使用rstudio-server 来进行编程非常麻烦（1.root权限 2.不易安装 3.端...
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vscode 远程linux R配置（实时图像配置-debug） -
单细胞转录组流程一：安装运行cellranger及结果解读
单细胞分析流程之Cell Ranger 相信做单细胞的小伙伴对Cell Ranger这个软件都不陌生，我们今天就来了解一下Cell Ranger的安装和使用方法。Cell R...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之NicheNethello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使...
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流程升级----高精度空间平台的细胞邻域分析（固定范围）
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空间的分析升级到高精度平台了。 群里有人分享自己发表的文章，说实话，我真心的羡慕，做科研这条路，文章是硬通货，把自己说的天花乱坠，什...
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ROGUE： 细胞亚群纯度评估在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
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课前准备---空间轨迹作者，Evil Genius 什么是空间轨迹？ 以一个空间位置为起点（例如上图的交界区域），沿着固定方向上的细胞、基因表达的变化。 还有如下的分析结果，沿着相同方向、以相同的...
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三维蛋白结构预测之RoseTTAFold虽然我是生信人员，但是我研究生阶段做的内容跟蛋白结晶有关，蛋白的三维结构非常重要，只可惜当时的我能力有限，仅仅是用swissmodel模拟一下就算了，下面的图是我当年硕士毕业...
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空间转录组细胞类型的距离分析之二---代码实现其实我平时很少分享代码，因为我觉得代码其实都是抄别人的，没什么意思，理解最重要，但是现实的情况是，大家需要代码作为参考 今天我们来分享的是，对细胞类型在空间距离上的分析，也就...
