whitebird

现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...

单细胞空间交响乐

hello，大家好，今天我们来分享一个做细胞通讯的分析软件NicheNet，这个软件最大特点就是预测配体活性，所以很多文章里都将NicheNet和cellphoneDB联合使...

XIAO沉

在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 什么是空间轨迹？ 以一个空间位置为起点（例如上图的交界区域），沿着固定方向上的细胞、基因表达的变化。 还有如下的分析结果，沿着相同方向、以相同的...

单细胞空间交响乐

虽然我是生信人员，但是我研究生阶段做的内容跟蛋白结晶有关，蛋白的三维结构非常重要，只可惜当时的我能力有限，仅仅是用swissmodel模拟一下就算了，下面的图是我当年硕士毕业...

单细胞空间交响乐

其实我平时很少分享代码，因为我觉得代码其实都是抄别人的，没什么意思，理解最重要，但是现实的情况是，大家需要代码作为参考 今天我们来分享的是，对细胞类型在空间距离上的分析，也就...

单细胞空间交响乐

细胞通讯根据不同细胞群、不同空间区域基因表达的特征，分析两者之间特异的配受体对，以此来代表细胞类型或者空间区域之间的通讯。空间转录组配受体（Spatial Transcrip...

单细胞空间交响乐

在我们生物学的世界里，细胞类型无论是交流还是位置都是在不断的变化之中，当形成一个成熟的组织之后，细胞类型的位置才会相对固定，但真正意义上也是一种动态平衡，当发生疾病之后，免疫...