IP属地：上海
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vscode 中 python 没有智能提示解决方案vscode 中提供智能提示的方法有很多，其一就是自己编辑用户snippets，其二就是下载使用别人写的snippets插件。而我们使用pyth...
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基因家族分析
CAFE4 1.生成cds文件以及pep文件 2.orthofinder 比对，建树：orthofinder 比对的两个文件用于后续分析：Spe...
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JCVI
共线性分析 输入文件 序列文件和注释文件：序列文件默认只能输入cds文件（尾缀cds）,注释文件（尾缀bed）。--dbtype=DBTYPE ...
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MCScanX一.基本使用 输入文件： 运行命令： 这个 gff 文件需要将两个物种的GFF文件 cat 到一起 结果将会得到两个文件：file.collin...
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DRIMM 鉴定多个物种共有区块
挖掘多物种之间共有区块 1.orthofinder 获取 Orthogroups.tsv 文件 2.获取物种之间的拷贝数(查文献或ks分析) 3...
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重复基因鉴定原理
Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidizat...
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orthofiner
一. 使用 一般命令 这个命令会使用系统可以使用的全部线程进行后续分析 一些参数 中途运行的参数 使用 -b 参数时，在 OrthoFinder...
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时间树基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种的遗传距离与物种分歧时间成正比。序列比对时，我们通常会...
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KaKs计算
一.基本步骤 ParaAT.pl 计算得到 file.axt 文件，如果加上 -k 参数，就会使用KaKs_Calculator的MA方法来计算...