何人解花语

CAFE4 1.生成cds文件以及pep文件 2.orthofinder 比对，建树：orthofinder 比对的两个文件用于后续分析：Species_Tree/Speci...

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共线性分析 输入文件 序列文件和注释文件：序列文件默认只能输入cds文件（尾缀cds）,注释文件（尾缀bed）。--dbtype=DBTYPE Molecule ...

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挖掘多物种之间共有区块 1.orthofinder 获取 Orthogroups.tsv 文件 2.获取物种之间的拷贝数(查文献或ks分析) 3.获取指定类型的gff文件 4...

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Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidization cycles in p...

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一. 使用 一般命令 这个命令会使用系统可以使用的全部线程进行后续分析 一些参数 中途运行的参数 使用 -b 参数时，在 OrthoFinder/Results_dir/Wo...

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一.基本步骤 ParaAT.pl 计算得到 file.axt 文件，如果加上 -k 参数，就会使用KaKs_Calculator的MA方法来计算（速度很慢），为了加快计算速度...

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你这代码不对，提取cds时需要考虑相位。

Python3 提取CDS

根据物种基因组和注释文件，可以编写脚本，提取特殊的序列结构，完成个性化的分析。本文利用Python3提取拟南芥的最长编码序列，并转化为氨基酸序列输出到文件中。 基因结构 参考...

香波地海

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使用硬盘作为win11系统启动盘重装系统时，由于没有备份数据造成硬盘的数据丢失。可以使用DiskGenius（免费）[https://www.diskgenius.cn/ex...

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R包依赖问题 由于使用 conda 安装的R版本比较低，且不能安装最新版本（目前最高4.3.1）.导致我安装 ggplot2 无法安装上，上面显示缺少3个依赖，而这些依赖却只...

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编译时会出现错误显示如下： 这个错误大概就是说作者自己自己写的 gamma 函数与 标准库中的 gamma函数相冲突，只需要将作者写的gamma声明注释掉即可。code /h...

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最常用的检测古代wgd特征的方法大致可以分为三类，利用(1)基因重复的年龄分布，(2)基因组结构中的保存模式（共时性和共线性）(3)基于基因数、染色体数或者基因树的系统基因组...