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泊松分布一般就是为了预测在固定时间间隔内发生指定数量事件的概率(n很大,p很小) 这里假设这段时间发生事情的概率为p,事件发生的次数为k,这里我们假设每次发生一个事件相互独立...
这里详细讲解 欧拉-拉格朗日方程推导 的推导。 1.微分 以微分为例: 这里 为 中一个点 , 也就是 ,而 就是 。 其中斜率(变化率,导数) 。 这里的假设是,当 也就是...
鉴于网上的mathtype基本上都不能正常使用,这里提供一个下载链接可以安装mathtype以及进行激活与外部office进行关联。 这里提示两个可能存在的bug(官网下载也...
分四个部分进行流程讲解 DNA甲基化分析 (WGBS分析) 组蛋白修饰(ChIP-Seq) 染色质可及性(ATACseq) HiC数据分析 表观遗传学 一、DNA甲基化分...
群体遗传学分析 1.过滤vcf文件 按最小等位基因型频率(0.05)以及缺失率(0.1)进行过滤 2.进行杂合过滤 cotton_het.py如下 3.进行LD筛选 4.利用...
黄瓜群体重测序 1.质控 2.bwa index建立索引 3.samtools faidx 生成参考基因组fai文件 4.picard CreateSequenceDicti...
熵最大原理是一种推导概率分布的方法,它认为:在满足约束条件下的概率分布中,熵最大的分布是最合适的选择。熵的定义:对于一个离散型随机变量 取值于 ,其概率分布为 ,则信息...
GTFtools:一个灵活而强大的GTF文件处理工具 GTFtools是一款用Python编写的命令行工具,专门用于处理基因转录格式(GTF)文件。GTF文件是一种用于描述基...
目前绘制染色体的函数很少亦或者说绘制得很难看,因此有必要自己设计一个绘图脚本。绘图函数设计可以从头使用svg包来绘制,也可以使用一些现有包进行绘制,这里我选择的时使用html...
PS1 常用格式化符号 \u: 当前用户名 \h: 主机名(短格式) \H: 主机名(完整格式) \w: 当前工作目录(相对路径) \W: 当前工作目录(只显示目录名) \d...
vscode 中提供智能提示的方法有很多,其一就是自己编辑用户snippets,其二就是下载使用别人写的snippets插件。而我们使用python一般只需要用到一个插件即可...
CAFE4 1.生成cds文件以及pep文件 2.orthofinder 比对,建树:orthofinder 比对的两个文件用于后续分析:Species_Tree/Speci...
共线性分析 输入文件 序列文件和注释文件:序列文件默认只能输入cds文件(尾缀cds),注释文件(尾缀bed)。--dbtype=DBTYPE Molecule ...
一.基本使用 输入文件: 运行命令: 这个 gff 文件需要将两个物种的GFF文件 cat 到一起 结果将会得到两个文件:file.collinearity file.htm...
挖掘多物种之间共有区块 1.orthofinder 获取 Orthogroups.tsv 文件 2.获取物种之间的拷贝数(查文献或ks分析) 3.获取指定类型的gff文件 4...
1、nvidia显卡和CUDA版本不对会出现的问题 CUDA capability sm_86:算力8.6上面表面上是说PyTorch,实际上是PyTorch依赖的CUDA版...
Gene duplication and evolution in recurring polyploidization–diploidization cycles in p...
一. 使用 一般命令 这个命令会使用系统可以使用的全部线程进行后续分析 一些参数 中途运行的参数 使用 -b 参数时,在 OrthoFinder/Results_dir/Wo...
基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换,具有恒定的演化速率,因此两个物种的遗传距离与物种分歧时间成正比。序列比对时,我们通常会利用单拷贝直系同源基因多序列比...